分两条来回答你的问题：
1、 圣殿骑士和刺客他们没仇，只是为了追求不同意义的自由。因为圣殿骑士想夺权，说是为了和平，其实有很大阴谋，刺客揭穿了它，不能让圣殿骑士夺权，所以要杀圣殿骑士。
圣殿骑士的计划是使人类社会体和平安定。而刺客偏向个人主义，崇尚自由，只是志向相背离。刺客的目标一旦实现根本上是观念不同，圣殿骑士崇尚秩序，希望获得能力来管理整个人类社会，达到完全的秩序化，认为人类应该走的道路是个体自由而不是联合秩序，致力于人类的个体解放，但能促进整个社会体蓬勃发展。双方并没有仇恨，固然会导致人一定程度被禁锢，都希望获得大权，所以发生争斗。
2、刺客的最终使命是找到苹果，并保卫它，让每个人自由，不让圣殿骑士拿到金苹果统一世界。
