微生物肥料是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，它是农业生产中使用肥料的一种。
一、选择质量好的合格的生物菌肥，首先看生产日期是不是过期、能不能用。而且菌肥必须保存在低温（最适温度4～10℃）、阴凉、通风、以免失效。有部分的菌种需要特定的温度范围，比如芽孢杆菌要根据生产质量高低，建议广大消费者不要贪图便宜购买廉价的产品，因为生物菌的含量很少，失去功效，一般存放超过两年的生物菌肥一定要慎重选择。
二、使用方法要根据菌种特性。
好的生物菌肥使用方法有：撒施、可以与大化肥一块用、穴施在果树树冠投影下挖几个穴然后施入生物菌肥，冲施滴灌和当地冲施设备随水冲施。
三、减少微生物死亡率
一般蘸根后要及时的定植、覆土，注意不要与农药、混合施用，有些菜农种植很多的作物都有根茎部病害，使用农药灌根，如多菌灵、恶霉灵、硫酸铜等药剂，真菌、细菌都能防治，但是农药的化学性质不稳定，会杀死菌肥中的有益菌，所以在使用菌肥后不要再用农药灌根，以防出现有益菌被杀死，农户看不到效果。
四、生物菌需要良好的繁殖环境。
菌肥中的菌群在施入土壤中后必须要经过大量繁殖才能发挥作用，但是市面上有些菌肥因为在袋子里长期存放失去活性，后期施入土壤效果不明显。所以寻找一款能在袋子里长久存放不失去活性的产品就变的极为重要。市面上以色列的菌肥是效果比较好的。例如以色列沃叶的菌含量为20亿每克，为了让菌种尽快繁殖，提高土壤活性和吸收利用率，选择一款好的产品是很重要的。
1、微生物活性菌需要足够的水分，但水分也不要过多过多又会造成不通风不透气。所以必须注意及时排灌，这样才可以保持土壤中适量的水分存在。
2、生物菌肥中的微生物大多是活性的，比如使用以色列夫沃施的菌肥可以改良土壤坂结，减少土壤病害的发生，使土壤透气良好有利于作物的生长。
3、有机质是微生物的主要能源，有机质经过分解能供养微生物养分。因此，在施用生物肥料时必须配合有机肥料一起施用，所以菜农在使用菌肥时应与粪肥等有机肥一起施用，不但可加快有机肥的腐熟速度， 又能促进有益菌群的形成，提供菌肥的肥效。因此，必须供应充足的氮磷钾及微量元素。例如葵花在作物生长的早期，必须供应适量的氮素，以促进作物生长和根瘤的发育，提高固氮量，施磷肥能发挥“以磷增氮”的作用，适量的钾钙营养有利于微生物的大量繁殖，钼是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，钼肥与根瘤菌肥配合施用，可明显提高固氮效率。
