一张增值税专用发票上的进项税可以只抵扣一部分吗？

不能。

按照规定，超出标准的住宿费不属于企业应该负担的，只能算作个人消费金额，其对应的进项税额不得抵扣。应该抵扣6元进项税额，付给员工206元。

应该通过进项税额转出的方法进行处理。

取得300元的住宿专用发票，由于是“一张”专票，应该是“全额”认证，也就是产生进项税额9元，由于超标的100元不能抵扣进项税额，需要转出3元的进项税额。

会计上可以这样处理：

借：管理费用 200

借：应交税费——应交增值税（进项税额）9

贷：现金 206

贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）3