由于非金属与金属材料性能上的差异，非金属泵的结构设计有以下特殊性。
1. 叶轮密封处和背叶片与泵体的运转间隙
因塑料和玻璃钢的线胀系数比钢大2~6倍，沿用金属泵的运转间隙易发生咬合，使泵损坏。间隙过大又会使泵的效率降低，并造成泵轴向力的不平衡。由于径向间隙不可调节，也可考虑采用轴向间隙，这样无需拆泵，即可检查并调节运转间隙。
2. 叶轮与轴的连接形式
① 叶轮内预埋金属件，通过金属件与轴用键连接，或叶轮与轴直接用键连接，叶轮端部用叶轮螺母保护。此结构来源于金属泵，由于密封面多，可靠性较差。长时间使用后，轴易被介质腐蚀。
② 叶轮内预埋金属件，与泵轴用螺纹连接，取消叶轮螺母。此结构可使轴完全受到保护，避免轴被介质腐蚀的可能。缺点是螺纹加工精度要求较高，运转时严禁电动机反转。
3. 泵体衬里层厚度及其固定
按国外泵企业标准，衬里层厚度一般为3~5mm，如果衬里层过薄(如1.5~2mm)，是压制过程易出现局部衬里缺陷，导致泵的允许使用温度和使用寿命有所下降，衬里层从泵体和后盖基体金属脱落的可能性也增大。
衬里层固定方式可采取在基体金属上布置较密的环形燕尾槽的方法，使衬里层固定牢靠，同时机加工量较小。也可用基体金属上布置较密小孔（或螺纹孔）的方法，衬里层固定不如燕尾槽牢靠，且机加工量较大。
为了防止温度变化引起的非金属从泵壳上脱落或开裂，可考虑在泵壳上焊接龟甲丝网，从而使得衬塑泵可以做到较大规格型号，进口管径最大可达DN600。
4. 轴向平衡力
塑料泵的叶轮内大多埋有金属件，一般不宜用平衡孔的方法平衡轴向力。国内外普遍采用背叶片平衡轴向力。
5. 接口
非金属泵进出口的接管的受力目前尚未有相关的标准加以限定，一般由设计单位提出要求，并根据制造厂自身的制造情况而定。对于整体非金属泵壳，一般采用活套法兰方式与管道连接，活套法兰与两端盖板连接；还可采用把法兰与盖板做成整体的方式与管道连接。
