福州外国语学校前身是光绪四年（1878年）基督教中华圣公会创办的“广学书院”和“榕南两等小学堂”及“圣马可书院”。“圣马可书院”是在光绪三十三年（1907年）秋在基督教圣公会福建教区支持下，爱尔兰都柏林三一大学布道会的万拔文先生在仓山施埔办起一所规模很小、以英语为主课的中学。1911年12月，万拔文等购买仓山跑马场附近的沙俄驻榕领事馆馆舍及其周围的4座洋房和园地作为校园。1912年，落成两座红砖大楼，圣马可书院、广学书院、榕南小学三校合并迁入新址，始称“三一学校”，英语是TrinityCollege。下属三一汉英书院、三一中学、三一小学。
1924年，学校又购得10余亩田地，辟为为足球场，这是当时福州中等学校唯一的符合规格的足球场。于是足球成为学校传统体育项目，比赛时准是名列前茅，因而三一足球驰名遐迩，历久不衰。
1928年，学校向国民政府办理立案手续，三一中学和汉英书院合并统称“私立福州三一中学”，三一小学改称“私立福州三一中学附属三一小学”。1933年三一中学高中生参加国家会考全部及格，初中参加国家会考总成绩名列全省70多校之首。
抗日战争爆发，沿海形势紧张。1941年夏，福州第一次沦陷，福州陶淑女子中学迁到崇安与三一中学联办，称为“三一陶淑联合中学”。1945年抗战胜利，全部迁回原址。
抗战胜利后，校内进步思想和进步力量日益活跃。1946年2月，中共三一中学支部秘密成立，在中共闽江工委领导下，开展了一系列革命活动。
中华人民共和国成立后，1952年10月25日人民政府接办了三一学校，更名”福州第九中学”,三一小学迁出,改名象山小学,后与仓山小学合并。
1966年，“文化大革命”开始，学校党政机构瘫痪，教育教学工作遭到严重破坏。1977年高考制度恢复后，特别是党的十一届三中全会后，学校拨乱反正，教学质量明显提高。1989年6月4日，福州市市长专程来校现场办公。要求学校办成一所“合格加特色”的新型学校。
1907年，爱尔兰都柏林三一学院布道会的万拔文牧师将自己在榕创办的“圣马可书院”与“榕南两等小学”、“福州广学书院”三合为一，建立福州三一学校。抗日战争时期迁址闽北，称三陶联中。1952年10月，由福州市政府接办，定名为福州第九中学。1993年6月福州市政府颁文更名为福州外国语学校。
今福州外国语学校，原为1952年福州第九中学更名。其前身是由上世纪20年代的“三一学校”演变而来的“三一中学”。这所中学历史悠久。是由基督教中华圣公会于1883年创办的“广学书院”和“榕南两等小学堂”及1907年英国传教士万拔文创办的“圣马可书院”，购得今仓山公园路前俄国领事馆土地为校址，1912年三校合并，始称“三一学校”，下辖小学、中学、汉英三部。取名“三一”，意取基督教的“三位一体”，亦含有三校合并之意。校长先后为万拔文和来必翰。1929年办理立案，中学部改称“三一中学”。收伊斯兰教育权后，校长改由国人担任，先是林步基，继为陈世钟，最后为陈中新。解放前，在仓山诸多教会学校中，三一中学是一所远近闻名，具有光荣反帝爱国斗争传统的教会男子中学之一。
1929年初夏间，初三班学生王邦杰、陈祖培二人于晚间复习毕返回卧室，在熄灯前脱下破内裤补缀，想补好即重新穿，一时下体裸露。恰巧传教士来必翰突来巡更。目睹此景，甚为震怒，既不查明原委，也不征询教职员的意见，即擅自认定王、陈二同学有猥亵行为。翌晨，即令校长林步基将他们开除。同宿舍的同学熟知此事，认为全属冤枉。消息传出后，初三班全体同学仗义执言，表示不满，要求校方收回成命，遭林步基的拒绝。他们别无选择。只好在班上静坐罢课以示抗议。刚愎自用的来必翰竟又下令开除初三班全体学生。第三天，高初中各班级同学对校方这一无理决定义愤填膺，遂各推举十名学生代表往见林步基，请求收回开除初三班同学的决定，不意十名代表又被开除。林步基、来必翰变本加厉的蛮横做法，激起了全中学部师生的义愤，以罢课、罢教的方式给予被开除的学生有力的声援。在来必翰一意孤行、坚决拒绝师生请求的情况下，乃下定决心，在进步教师庄又怜、李若初、黄仰英的指导下，公推高中学生李利淮、黄先修、陈海亮、郑端秀为代表，组织大规模的请愿和游行示威。约300名学生在学校大门口排队，手执标语旗，高呼“打倒帝国主义走狗林步基”、“打倒英帝分子来必翰”和“来必翰滚出中国”的口号。列成双行队伍，整齐、浩荡地向城内进发，一直走到省教育厅及国民党省党部请愿。他们高呼反帝口号、散发传单揭明真相，得到沿途民众的同情、鼓励和支持。《福建民报》等报刊，连日以第一版整版篇幅报道了这次罢课反帝请愿和示威游行的壮举。大字号的醒目标题有：“轩然大波之三一反帝学潮”、“三一反帝学潮波澜壮阔”、“三一学校反帝学潮方兴未艾”等；同时还全文登载了师生控诉英帝分子来必翰及林步基等无理压迫摧残学生的传单。
在罢课请愿期间，校方曾对学生运动进行打击和迫害，如写匿名信诬陷几个学生是共产党；写信给学生家长，尤其受补贴膳费的同学家庭强迫学生回家；函请警察局派警察在校门口站岗以威胁学生进出；林步基的内弟倪绳祖受唆使以刀枪威胁学生等。这些都未能动摇学生的反帝决心和意志。
在静候处理期间，省党部和教育厅怕事态扩大。在各方的压力下才分别派工作人员林炳康和督学唐守谦先后来校了解情况，说了一些同情学生的“好话”。拖延了一个月后，教育厅才正式宣布处理办法：明令三一学校中学部解散停办；所有三一中学部学生转学到省属各校。如理工中学、农林中学、福州中学、师范学校和其他学校等。
这次三一学校中学部全体师生一致的罢课、罢教、请愿、游行示威。以抗议英国传教士来必翰及其走狗林步基三次蛮横开除学生而掀起的大规模反帝学潮以师生的胜利而结束，实为自“五四”全国学生爱国运动以来，福州教会学校师生反帝爱国运动规模最大的一次，是福州学生运动史的丰碑。
