FDIC的管理机构是五人组成的董事会，这五人全部由总统指定，并经过参议院确定，并且不得有超过三人来自于同一个政党。董事会每个月召开一次会议。机构下设监管和消费者保护部、保险和研究部、破产管理部、信息技术部、财务部、行政管理部，以及企业风险管理办公室、经济情况办公室、国际事务办公室、法律事务办公室、纪律检查办公室。FDIC以年度或季度为基础公布预算、战略计划和金融报告。
四、FDIC的存款保险基金
2006年2月，根据《联邦存款保险改革法案（2005）》，FDIC将原有的银行保险基金（BIF）和储蓄协会保险基金（SAIF）这两只基金合并成一只新的基金——存款保险基金（DIF），并从2006年3月31日开始生效。DIF用于偿付倒闭机构中的被保险存款。截至2007年12月31日，DIF的总资产为530亿美元。2007年全年，DIF的全面收益（comprehensive income）为22亿美元。
