16世纪，以利玛窦为首的耶稣会士再度将天主教传入中国。1645年9月12日罗马教廷传信部就有关中国人的信仰问题发出部令：
（1） 绝对禁止进入城隍庙拜祭城隍。
（2） 绝对禁止进入孔庙拜祭孔子。
（3） 绝对禁止进入祠堂拜祭祖先。
（4） 绝对禁止为先人设祭坛、立牌位，更不可以祈祷、供祭先人。
至清康熙年间，由于罗马教廷挑起“礼仪之争”，不准中国教徒敬孔祭祖，并不许当时中国各地天主教堂悬挂仿制康熙皇帝赐给汤若望的「敬天」大匾。因而遭康熙皇帝禁教，天主教再陷低谷。1715年3月19日，罗马教皇克莱蒙十一世发布教皇敕令《自那一天》禁止中国天主教徒敬天祭孔祭祖：
一、西洋地方称呼天地万物之主用“斗斯”（Deus [God]） 二字，此二字在中国用不成话，所以在中国之西洋人，并入天主教之人方用“天主”二字，已经日久。从今以后，总不许用“天”字，亦不许用“上帝”字眼，只称呼天地万物之主。如“敬天”二字之匾，若未悬挂，即不必悬挂，若已曾悬挂在天主堂内，即当取下，不许悬挂。
二、春秋二季，祭孔子并祭祖宗之大礼，凡入教之人，不许作主祭、助祭之事，连入教之人，并不许在此处站立，因为此与异端相同。
三、凡入天主教之官员或进士、举人、生员等，于每月初一日、十五日，不许入孔子庙行礼。或有新上任之官，并新得进士，新得举人生员者，亦俱不许入孔庙行礼。
四、凡入天主教之人，不许入祠堂行一切之礼。
五、凡入天主教之人，或在家里，或在坟上，或逢吊丧之事，俱不许行礼。或本教与别教之人，若相会时，亦不许行此礼。因为还是异端之事。凡入天主教之人，或说我并不曾行异端之事，我不过要报本的意思，我不求福，亦不求免祸，虽有如此说话者亦不可。
六、凡遇别教之人行此礼之时，入天主教之人，若要讲究，恐生是非，只好在旁边站立，还使得。七、凡入天主教之人，不许依中国规矩留牌位在家，因有“灵位神主”等字眼，又指牌位上有灵魂。要立牌位，只许写亡人名字。再者，牌位作法，若无异端之事，如此留在家里可也，但牌位旁边应写天主教孝敬父母之道理。以上我虽如此定夺，中国余外还有别样之理，毫无异端，或与异端亦毫不相似者，如齐家治国之道，俱可遵行。今有可行与不可行之礼，俱有教王之使臣定夺。有与天主教不相反者，许行，相反者，拒决断不许行。
1742年，教皇本笃十四世在教皇敕令《自上主圣意》，”异论顿息，人心翕然，迄今二百年，各省传教神父，勿论何国何会，悉遵教皇谕旨，宣传天主正教，共遵一途，共守一道，毫无争执歧异之端，而圣教之至一至圣，亦愈彰明较著焉。“禁止传教士对敬天祭孔祭祖问题进行再议，并坚决否定克莱蒙十一世特使Charles Ambrose Mezzabarba的八条变通办法，要求坚决执行《自那一天》禁令。
由于伪满政府在回应吉林主教高德惠 (Auguste Ernest Desire Marie Gaspais) 之讯问时，答覆曰：「尊孔仪式的唯一目的，就是彰显对孔子的崇敬之情，绝对不带宗教的特质。」再加上有先前日本神社事件的前例，教宗庇护十一世 (Pius XI, r.1922-1939) 因此於1935年发布命令，要求满洲国教区主教应谨慎确认祀孔无宗教特质，而神职人员在行过反对「中国礼仪」的宣誓之後，还应等待主教们的指导，以避免疑惑和争执。
直到1939年12月8日，庇护十二世为与中国建交，在儒教礼仪上态度松动，批准传信部训令《众所周知（Plane compertum est）》，撤销禁止「祭祖敬孔」和传教士「宣誓」服从禁约的规定：”允许教徒参加祭孔仪式；可以在教会学校中放置孔子之肖像或牌位，并容许鞠躬致敬；如果教徒必须出席带有迷信色彩的公共仪式时，必须抱持消极的态度；在死者或其遗像、牌位之前鞠躬，是被允许且是适当的。“但教廷并不承认先前相关的通谕是错误的，而是认为过去宗教性的祭祖、祭孔观念，历经数百年后已变成世俗性活动，故可以被酌情允许。但儒教的世俗化是由于华夏教化不到位，与其宗教性背道而驰。祖先是汉人与天神沟通的媒介，孔子曰：”祭如在，祭神如神在。“仅仅鞠躬是违背华夏礼仪的。 19世纪中叶鸦片战争后，西方传教士依靠不平等条约的保护开始在中国迅速传教。从一开始，天主教在华的传教事业就具有浓重的殖民主义色彩，外籍教士把持中国天主教会的各种权力，中国籍神职人员长期处于无权地位。
罗马传信部颁布《众所周知Plane Compertum》训令，许可中国教友及传教士祭孔敬祖的仪式，理由
是事过境迁，俗化了祭孔敬祖的宗教内容，故可视之为社会仪节而已。不过，只能以「天主」，来称呼耶稣基督所启示至高无上的纯神，并禁止使用「天」、「上帝」的名称，至今仍然有效（见教宗本笃十四世《自上主圣意Ex quo singulari》宪章3，1742年7月5日，特别是第10号）。 解放后，天主教开展了“三自”（自传、自治、自养）运动，使天主教由帝国主义的侵略工具变成为中国教徒独立自主自办的宗教事业。
1950年，中国四川省广元县天主教徒在王良佐神甫的倡导下，于11月30日发表了以自治、自养、自传为中心内容的《天主教自立革新宣言》，提出割断同帝国主义的联系，建立“三自”的新教会。 天主教徒解放初约有270多万人，到2006年约有1500万人。 2002年7月28日，英木兰等6位天主教若瑟修女院的修女，在北京最大的天主教教堂——西什库教堂的大礼弥撒上发出了永愿——把自己永远献给基督，终身服务教会。她们不但是有着130年历史的天主教北京教区若瑟修女会的第三批终身修女，更是新中国成立后北京教会培养出的第一批发终身愿修女。修女们发愿后，领受了终身圣愿的标志——戒指，并将进堂时头上的花冠换成茨冠——基督耶稣受难时戴的冠项。天主教北京教区若瑟修女会是1872年由一名法国神甫和3名中国修女在北京创立的。文革期间，中国正常的宗教活动受到破坏。改革开放后，宗教信仰自由得到了保障，该会也在1986年得以恢复，至2002年有修女50多位。 2002年8月5日新华社报道，据中国天主教爱国会主席、北京教区主教傅铁山介绍，中国改革开放以来，宗教信仰自由政策的落实，特别是培养出新一代天主教神职人员，使中国天主教的发展呈现一派生机。中国天主教会有100个教区，教徒1500万，开放教堂、会所5000处，开办神哲学院12所。改革开放以来，中国天主教会培养、祝圣的年轻神甫有1500余位，其中已有100余名青年神甫被教会派往海外深造。另外，中国天主教会已有发初愿的青年修女3000位，有200余位修女发了终身愿。中国天主教每年约有10万余人领洗，共印刷《圣经》300多万册。 2002年8月5日，旨在重点研究天主教与中国文化之间关系的北京天主教与文化研究所在北京正式成立，标志着中国天主教学术研究活动进入到一个新的阶段。北京天主教与文化研究所是经北京市宗教局批准、隶属于天主教北京教区、北京市天主教爱国会和北京市天主教教务委员会的一个研究机构，所长为赵建敏神甫，研究人员都是新中国自己培养的神职人员。研究所的宗旨是要多层次、全方位地发掘天主教中的积极因素，为天主教服务社会、促进教会本地化、陶冶人类精神，贡献天主教的力量。研究所未来的研究方向是要发掘天主教所倡导的价值观中的积极因素，具体课题包括天主教与伦理道德，天主教与文化，天主教与艺术等。同时，研究所将积极开展海内外基督宗教文化交流活动，通过文化的交流达到相知相识，弘扬中华民族传统文化。
