根据上述职责，市国土局设16个内设机构。
(一)办公室。
负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、信访、议案、建议、提案、安全保密等工作；承担重要事项的组织和督查工作。
(二)研究室。
承担本市国土资源管理重大问题的调查研究，并提出意见、建议；承担重要文稿的起草工作；组织、指导本系统的调查研究工作；承担新闻发布、对外宣传有关工作；组织有关地方志、年鉴的编纂工作。
(三)法制处。
负责本系统推进依法行政综合工作；起草国土资源管理方面的地方性法规草案、政府规章草案；负责行政执法工作的监督、指导和协调；承担行政复议、应诉的有关工作；承担机关行政规范性文件的合法性审核和有关备案工作。
(四)科技与对外合作处。
承担本市国土资源科技管理工作；拟订国土资源科技工作的发展规划和年度计划，并组织实施；拟订国土资源对外交流与合作的工作规划、计划，并组织实施；承担本系统外事工作；组织协调国土资源科研开发、新技术推广、科技成果评审、学术交流等工作；承担有关软科学项目的管理工作。
(五)调控和监测处(综合处)。
负责本市国土资源经济形势分析，研究提出国土资源供需总量平衡的政策建议，参与本市宏观经济运行及相关改革研究；拟订土地供应政策，编制土地供应计划；拟订土地市场管理、地价调控等政策措施；承担土地价格动态监测和地价指数编制工作；承担国土资源行政许可工作的组织协调和督查考核；承担国土资源行政许可事项的接待受理、证件核发、档案验收、业务档案管理等工作；承担国土资源管理业务的内部综合以及与相关部门的协调联系工作；组织本系统政府信息公开工作，承担国土资源综合统计、专业统计和数据资源共享工作，分析、上报、发布有关统计信息；指导本系统行政许可工作。
(六)规划处。
承担本市国土资源综合规划的管理及各类规划的协调工作；拟订土地利用、矿产资源、地质环境等总体规划；编制、修订基本农田保护，土地整理、复垦、开发，矿产资源开发、利用、保护，以及地质环境保护等专项规划；指导和审核区县、乡镇土地利用总体规划，并监督落实；依法承担建设用地预审工作。
(七)耕地保护处。
承担本市耕地保护、集体建设用地利用、农用地使用等方面的监督管理，拟订有关管理办法和政策措施，依法承担相关的行政许可工作；编制土地复垦、整理的工作规划和年度计划，拟订耕地开发复垦费标准，并组织实施；监督落实占用耕地建设项目的占补平衡措施；组织实施土地整理储备以及宜耕土地后备资源库、补充耕地储备库建设管理等工作。
(八)地籍处。
承担本市地籍管理工作，拟订有关管理办法和政策措施；承担土地调查(地籍调查、土地利用现状调查)、登记、统计和动态监测工作，拟订地籍管理技术规范；承担土地权属登记、确认、变更、抵押、终止等监督管理，依法调处重大土地权属纠纷；承担地籍管理信息系统建设工作。
(九)土地利用处。
承担本市国有建设用地和土地市场管理工作，拟订有关管理办法和政策措施，依法承担相关的行政许可工作；指导土地价格评估工作；承担国有土地使用权招标、拍卖、挂牌出让的组织实施；承担企业土地资产处置的有关管理工作。
(十)征地处。
承担本市农用地转为建设用地、征用集体土地等方面的监督管理，拟订有关管理办法和政策措施，依法承担相关的行政许可工作；承担农用地用途管制工作；监督管理土地征用安置补偿工作；组织实施征地区片综合地价测算工作。
(十一)矿产资源勘查储量处。
承担本市矿产资源储量管理和地质勘查管理工作，拟订有关管理办法和政策措施，依法承担相关的行政许可工作；组织矿产资源储量的登记、统计以及动态监测、供需形势分析；承担矿产资源储量评审机构和专业技术人员的管理工作；承担地质科技成果登记、推广，地质勘查行业技术监督，以及地质资料汇交管理等工作。
(十二)矿产资源开发处。
承担本市矿产资源开发、利用、保护的监督管理，拟订有关管理办法和政策措施，依法承担相关的行政许可工作；承担矿产资源开发秩序的整顿和规范工作；征收、管理矿产资源补偿费。
(十三)地质环境处。
承担本市地质环境保护和地质遗址保护的监督管理，拟订有关管理办法和政策措施，依法承担相关的行政许可工作；组织实施矿山环境保护与恢复治理规划；组织地质环境动态监测；承担地质灾害突发事件的应急管理工作；承担地下水勘查、评价、规划、监测、统计、分析的管理工作；承担地质遗迹管理工作；编制、发布地质环境公报。
(十四)地热处。
承担本市地热资源开发、利用、保护的监督管理，拟订有关管理办法和政策措施，依法承担相关的行政许可工作；承担地热资源勘查、开采及地热井开凿的监督管理；承担地热资源勘查开发计划的编制和勘查报告的审查工作；征收、管理地热资源有关费用。
(十五)财务处。
负责机关及直属单位的财务、固定资产、内部审计等工作；依法承担本市国土资源有关专项收入的征管工作；拟订本系统财务、资产管理制度，并组织实施。
(十六)人事处。
负责机关及直属单位的人事、机构编制等工作；组织有关教育培训、专业技术职务评定等工作；承担本系统干部队伍建设规划及部署的组织实施工作。机关党委(基层工作处) 负责机关及直属单位的党群工作；承担本系统思想政治工作及基层建设工作。
工会 负责机关及直属单位的工会工作。
离退休干部处 负责机关及直属单位离退休人员的管理与服务工作。
纪检、监察机构按有关规定派驻。
