持有新版的港澳通行证电子卡当然可以走人工通道。
原因：其实新版卡式与旧版本式，本质上是一样的，都只是你身份的证明与港澳的签注而已，只是旧版本式携带不方便，而且不利于自助通关。
注意事项：首次使用新版电子港澳通行证过香港关时需走人工通道，第二次后才可使用香港的E通道。
新版卡式过关方法：，新的卡片式通行证第二次过关可以直接走自助通道。将通行证放入自助通道的阅读器，注意是通行证有照片的一面朝下面，提示取出通行证的之后，等待第一个闸门打开再进入，然后将拇(左右手均可)指平放于指纹扫描仪上，提前移开手指，并采集完头像后，等待第二个闸门打开。
