牛顿写《自然哲学的数学原理》这本书是想让人们了解他的科学成果，从而依据科学解释宇宙天体的运动问题。在这本书中他提出了经典力学的三个基本定律和万有引力定律，通过定律对自然现象进行解释；他运用三个定理说明“使木星恒离开直线运动而留在其轨道三内”“使行星恒离开直线运动而留在其轨道之内”和“使月球不能离开其轨道力”都是一种向心力（其心分别是木星、太阳和地球）。牛顿用万有引力定律解释了大量的实际问题，也通过大量的自然事实来说明万有引力的存在，他所举的自然事实包括月球运动的偏差和潮汐的大小变化等。
这本著作无论是从科学史还是整个人类的文明史来看都是一部划时代的著作，是科学的历史上经典力学的第一部经典著作，也是人类掌握的第一个完整的科学的宇宙论和科学理论体系，在其后的三百年年时间里一再取得丰硕成果。从科学研究来看《自然哲学的数学原理》示范了一种现代科学理论体系的样板，包括理论体系结构、研究方法和态度，如何处理人与自然的关系等多方面内容。此外《自然哲学的数学原理》及其作者与同时代著名人物的互动关系也是科学史研究和其它学术史研究中经久不息的话题。
牛顿写《自然哲学的数学原理》这本书的目的是为了找寻到上帝是如何构建世界的真相，或者说上帝是基于哪几个法则来构建世界的。牛顿是个虔诚的新教徒，很多人被一些观点迷惑了，认为牛顿是晚年才相信上帝的，这是错的。牛顿是自幼就信封上帝。他在这本书里尽可能用古典几何学的办法来描述微积分，这就能看出牛顿是打算像古希腊数学家那样去用数学去探索世界，而牛顿则是用数学来探索上帝。
牛顿本义是用数学证明上帝的，但是结果却适得其反。由于受到启蒙运动的影响，欧洲大陆很多数学家、物理学家则是以牛顿的理论来反对上帝存在。拉普拉斯在《天体力学》一书里直接排除了上帝的存在。法国皇帝拿破仑问他：为什么书里没有提到上帝的存在？拉普拉斯直接说道：我的书里不需要上帝这个假设。
如果题主去翻看牛顿最初版的《自然哲学的数学原理》就会发现，牛顿不是用英语来书写的，而是用拉丁语。拉丁语在当时是神学专用语言。拉丁语从罗马帝国灭亡之后一直是全欧洲通用的学术语言（这里的"学术"指的是神学）。牛顿此举就是证明自己是在写神书，而非是科学著作。
至于牛顿写书和科学有无关系，这个问题要回到那个时代去看看。其实牛顿在写这本书以前的时代里，近代科学并没有诞生。注意这本书的名字——自然哲学，牛顿为什么不起名为"自然科学"，因为近代意义的自然科学还在旧世界的胞胎里尚未成熟。牛顿的书从历史上看，是近代自然科学的开宗明义第一书。牛顿的《自然哲学的数学原理》一书是中世纪科学的最后一本书，是近代科学的第一本书。这一点和但丁类似——恩格斯说，但丁是中世纪的最后一位诗人，是近代的第一位诗人。
为什么这么评价牛顿。因为虽然牛顿是一个新教徒，但是牛顿发明了近代科学的最具标志的数学工具——微积分。他成功地应用微积分去解释天体力学，证明天体力学和地面的力学其实一回事。这件事情在牛顿看来没有多少意义，充其量是上帝的普适性。但是在启蒙运动家面前，那就是推倒教会的最好证据。不存在高高在上的神，所有人在科学面前都是平等的，启蒙运动由此发轫。法国启蒙运动家伏尔泰将牛顿置于了很高的地位，甚至将他放置在神的对立面。其实这是伏尔泰抬举了牛顿了。牛顿其实不过是上帝面前的仆人，到了伏尔泰那里上帝成了牛顿的阶下囚。后世的政治革命需要一个精神导师，牛顿就这样不对也对、不错也错地成为了上帝的否定者，成为了无神论第一人——而这恰恰歪曲了历史，歪曲了牛顿。
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