年终奖扣税，要减去当月工资不到起征点的差额来计算，是体现了税收的公平性个，不让低工资的人吃亏。
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年终奖个人所得税计算方式：
1、发放年终奖的当月工资高于3500元时，年终奖扣税方式为：年终奖*税率-速算扣除数，税率是按年终奖/12作为“应纳税所得额”对应的税率。
2、当月工资低于3500元时，年终奖个人所得税=(年终奖-(3500-月工资))*税率-速算扣除数，税率是按年终奖-(3500-月工资)除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。
这里我们以一个示例进行计算演示：
小王在2013年12月工资6000元，同时领到2013年的年终奖20000元，当月所需缴纳的个人所得税如下：
1)当月工资个人所得税=(6000-3500)*10%-105=145元
2)年终奖个人所得税=20000*10%-105=1895元
当月个人所得税总额=145+1895=2040元
由于单位发放给员工的年终奖形式不同，个人所得税计算方法也不尽相同。
一、员工当月的工资薪金超过「3500」元，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。
全年一次性奖金，单独作为一个月计算时，除以12找税率，但计算税额时，速算扣除数只允许扣除一次。
例一：赵某2013年1月工资5000，年终奖24000，无其它收入。
赵某工资部分应缴纳个人所得税：(5000-3500)*3%=45元
赵某年终奖(24000)部分应缴纳个人所得税计算：
先将雇员当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，即：24000/12=2000元，
再按其商数确定适用税率为10%，速算扣除数为105.
赵某年终奖24000应缴纳个人所得税：
24000*10%-105=2295元。
赵某2013年1月份应缴纳个人所得税2340元。
二、员工当月的工资薪金不超过3500元，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。
但可以将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，作为应纳税所得额。其中“雇员当月工资薪金所得”以收入额扣除规定标准的免税所得(如按规定缴纳的社会保险和住房公积金等)后的数额。
例二：钱某2013年1月工资2000，年终奖24000，无其它收入。
钱某当月工资2000元，未超过费用扣除标准3500元，不需要缴纳个人所得税。
钱某2013年1月当月工资薪金所得与费用扣除额的差额为3500-2000=1500元。
钱某年终奖24000元，先减除“当月工资薪金所得与费用扣除额的差额(1500元)”，22500元为应纳税所得额。
22500除以12个月，即：22500/12=1875元，
再按其商数确定适用税率为10%，速算扣除数为105.
钱某年终奖24000应缴纳个人所得税：
(24000-1500)*10%-105=2145元。
钱某2013年1月份应缴纳个人所得税2145元。
