1 医患双方自行协商是平等主体之间订立的民事合同
《医疗事故处理条例》第四十六条规定：“发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决，不愿协商或者协商不成的，当事人也可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人法院提起诉讼。”自行协商为首选途径，医患双方通过协商，达到交流沟通，消除误会，增进理解，相互体谅，平息矛盾，解决纠纷。医患双方发生医疗纠纷后，通过协商对纠纷的性质达成共识，对有无医疗过失或是否属于医疗事故达成一致意见，并对解决纠纷的方式方法及双方权利义务作出约定，这就是民法意思自治原则在解决医疗纠纷中的体现。我国民法的意思自治原则就是要给予市场主体以充分的自主权利，鼓励和保障民事主体自由地从事各种市场活动。医患双方签订的协议书，只要不违背法律规定，不损害国家利益和社会公共利益必然受到法律所保护。
我国《民法通则》第八十五条规定：“合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。”医疗纠纷发生后，医患双方通过自行协商，对解决争议的意思表示一致并达成书面协议，这是医患双方当事人遵循自愿、合法、平等和公平原则对解决医疗纠纷订立的合同。
2 协议后因患者反悔引发诉讼的法律问题
1） 患者方具有诉讼权利
医患双方自行协商是平等主体之间订立的民事合同，当然也是一种民事行为。根据《民法通则》及《合同法》的规定，协议如果存在胁迫、欺诈、重大误解、显示公平等情形的，是可以撤销的。医患双方签订的协议在撤销之前是具有法律效力的。但如果存在上述情形可以撤销它。双方虽然签订了协议，但医方无法制患者方提起民事诉讼去撤销它，至于法院是否支持，这是起诉后法院的实体审查问题。在协议书上写“不得起诉”之类的话是没有约束力的。现实生活中，医疗机构想通过协议的形式去制止患者起诉是不现实的。
2） 推翻协议的诉讼有时间的限制
对于撤销合同的诉讼请求，法律上是有时间限制的，这就是法律上所说的除拆期间。
这种时间上的限制不像诉讼时效存在中断与中止的问题，是个不变的期限，法律规定为一年。也就是说，如果医患双方任何一方在签订协议后一年以后反悔的，法律将不予支持。如果觉得协议不公平，应该在一年内起诉，否则过时不候。
3） 只能提起合同之诉，而不能提起侵权之诉
在医患已经就双方之间存在的医疗纠纷，签订了解决争议的协议书后，如患者一方反悔又向法院提起诉讼的，这种诉讼就存在责任竟合，因为双方签订的协议书是一种民事合同，这一合同关系的建立已消灭了医患之间初始建立的医疗服务合同关系，同时对因医疗过错造成的侵权应承担的相应民事责任达成合意，对原有的侵权事实起到了终止作用。所以此时患者只能就该协议书提起合同之诉，而不能提起侵权之诉，再行主张医疗机构承担侵权赔偿责任，患者方不再存在责任竟合下的选择权。
4）谁主张，谁举证，不适用举证责任倒置
由于此类诉讼案
由属于合同纠纷而非医疗事故赔偿纠纷，按照“谁主张，谁举证”原则，举证责任在于作为原告的患者。原告如果认为双方已经生效的协议显失公平，或有重大误解，或属无效合同等，原告应对自己的主张在举证期限内予以举证。如原告不能举证，法院就可能不支持原告的诉讼请求。作为医疗机构在应诉时重点应当证明双方签订之协议的合法性、有效性。患者方举证证明存在胁迫、欺诈显然是很困难的，唯一途径就是申请鉴定，如果确定为医疗事故，按照条例可获得的赔偿远远超过协议规定的数额，则可证明原告撤销的理由存在。
