医院设有临床科室32个，医技科室20个。拥有部级心血管疾病防治技术中心、中华医学会实用介入技术推广培训中心和现代临床实验中心。东南大学介入放射学研究所、急诊与危重病医学研究所、心血管病研究所、做创外科研究所、功能神经外科研究所、修复重建外科研究所、肾脏病研究所、耳聋康复研究所、骨髓增生异常综合征研究所均设在医院。医学影像与介入放射科和整形修复科是江苏省 “135”工程一医学重点学科，急诊医学科是省重点学科建设单位，医院还有17个省部级重点临床专科。
与医院一体化运作的临床医学院是东南大学最大的院系，培养各类临床医学专业人才。1978年开始招收首批硕士研究生。现有一级硕士学位授予点4个，一级博士学位授予点2个，二级博士学位授予点18个，硕士生导师100余名，覆盖了大多数临床医学专业，每年招收硕士生100多名。2001年起招收临床医学硕士专业学位(技能型)研究生，2002年起招收七年制本硕连读研究生，2012年入选教育部卓越医生培养计划——拔尖创新人才培养计划，开始试办八年制医学教育，目标是培养杰出的领导型临床学家和医学科学家，办学理念和人才培养独具特色。
