先回答第一个问题：无损音乐在听感上与正版CD基本没有区别，区别就在于介质的不同（CD具有收藏价值）与版权的归属问题。正版CD是直接受法律保护知识产权、不允许租赁的，而无损音乐虽然原则上说也是不允许共享的，但目前的情况来看其共享率还是非常大的，加上国家法律的空白，大家都默许了它的共享性。
再是第二个问题：无损音乐多是从CD用相关软件抓取的，而你说的这三种格式都是可以选择的，其中WAV是最直接的抓取，没有任何压缩，音质与CD无区别，不可写入标签（就是播放时显示的艺术家、专辑等等信息）；APE次之，但可以写标签，但这种标签协议不是很通用，比如有些MP3播放器就不识别APE的标签；FLAC相对而言压缩比率最大，但用的最多，技术最成熟。其实这三种格式不用非常非常专业的设备是听不出来什么区别的，你不用考虑太多啦，推荐用FLAC就好。
