首先要注意的一点是，若借款人在购买第一套房时，也是使用公积金贷款购买的，并且还未完贷款，则在购买第二套房屋时，就不能使用公积金贷款。若第一套房是用商业贷款买的，并且正在按揭中，则第二套房可以使用公积金贷款，首付等规定以第二套房计算，即首付最低50%，利率上浮10%。若第一套房的贷款已还清，无论是商业贷款还是公积金贷款，都可以用公积金贷款购买第二套房，相关规定自然也按照第二套来计算。
有些地方已经开始实施公积金贷款二套房首付最低两成的政策。为进一步完善住房公积金个人住房贷款政策，支持缴存职工合理住房需求，对拥有1套住房并已结清相应购房贷款的居民家庭，为改善居住条件再次申请住房公积金委托贷款购买住房的，最低首付款比例由30%降低至20%。所以大家在申请公积金贷款时，需要询问当地的管理中心，最低首付是多少，从而减少购房带来资金紧张的问题。
申请公积金贷款的流程是：借款人申请住房公积金贷款需到银行提出书面申请，填写住房公积金贷款申请表并提供想换资料，需要提供的资料有申请人住房公积金缴存证明;申请人的身份证明如身份证，户口本等（若申请人已婚，则需要提供配偶的相关资料以及结婚证）；家庭稳定经济收入证明及其它对还款能力有影响的债权债务证明;)公积金中心要求提供的其他资料。银行会对申请人提供的资料进行审核，并及时报送公积金中心。公积金中心负责审批贷款，并及时将审批结果通知银行。银行按公积金中心审批的结果通知申请人办理贷款手续，借款人签订相关合同或协议，并将借款合同等手续送公积金中心复核，符合通过后，等待放款。
