1、分布地区不同
香榧子：中国主要生长在长江以南的浙江、安徽、福建、江苏、贵州、湖南、江西等省，其中太平香榧、枫桥香榧、浙江香榧和江西玉山香榧（果）等最著名。
木榧子：主要分布在全省浙江、福建崇安、建欧、安徽黄山、贵池、江西利川、秀水、燕山、宣田、婺源、黄冈山，向西分布在湖南新宁、慈利和贵州松桃、上海和昆明等地栽培。
2、形态不同
香榧子：实有一层坚硬的种皮，枣子大小相仿，果仁如橄榄，两尖，卵圆形，成熟的果壳呈黄褐色或紫褐色，种子呈黄白色。
木榧子：果实卵圆形，长2 ～ 4厘米，表面黄灰色或黄色棕色，纵向皱纹，钝圆的一端，有一个椭圆形的伤疤，颜色是光，两边各有一个小过程，另一端稍尖，壳质量硬脆，打破红褐色的内表面后，麻行。籽粒卵球形，皱褶实心，表面有灰褐色皱褶膜，籽粒黄白色，含油。
3、所属不同
香榧子：香榧子属于松柏纲松柏目红豆杉科榧属香榧种。
木榧子：木榧子属于松杉纲红豆杉目红豆杉科榧树属榧树种。
