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日本境内多山，山地成脊状分布于日本的中央，将日本的国土分割为太平洋一侧和日本海一侧，山地和丘陵占总面积的71％，国土森林覆盖率高达67%。富士山是日本的最高峰，海拔3776米。富士山被日本人尊称为：圣岳 日本的平原主要分布在河流的下游近海一带，多为冲积平原，规模较小，较大的平原有关东平原、石狩平原、越后平原、浓尾平原、十胜平原等。日本平原面积狭小，耕地十分有限，人口生理密度高达3054人/平方公里，为世界第二，仅次于埃及（3503人/平方公里）。
日本境内河流流程短水能资源丰富，最长的信浓川长约367公里；最大的湖泊是琵琶湖，面积672.8平方公里。 日本的河流大多发源于中部山地，向东西两侧流入太平洋和日本海。由于日本东西狭窄，加之山势陡峭，河流多短而急促。在梅雨和台风季节，水量增大，容易形成洪水。为此，日本修筑了大量的堤防和水库，用于防洪。河水广泛用于生活用水、农业和工业用水、水力发电。
