请问，99年毕业的大专学历证书能否在网上通过官方正规渠道查询到？

不能查询。
目前唯一网上能查询的就是国家规定的学信网，但是学信网上能查询的范围以及时间如下：
查询范围：国家承认的各类高等教育学历证书（含学历证明书）。包括研究生、普通本专科、成人本专科(注册进度)、网络教育(注册进度)、开放教育、高等教育自学考试(注册进度)以及高等教育学历文凭考试(注册进度)等。其中，研究生、普通本专科的学历证书已实现在线即时电子注册。
（重要告知：系统正在升级改造，1991-2001年所有学历暂不提供查询服务。 ）
其中就说明91年一2001年的无法查询。