在1888年之前，清朝并没有真正意义上的国旗，作为清朝最倚重的外交大臣，李鸿章深感“无旗可挂”的尴尬，奏请慈禧太后确定国旗。出任过驻英与驻法公使的总理衙门官员郭嵩焘将三角黄龙旗改成矩形并提交慈禧，立刻得到了慈禧的青睐，于是钦定其为清朝国旗。
黄龙旗作为清朝海军军旗的历史要远远长于国旗，导致了黄龙旗与北洋水师微妙的联系。1890年后，北洋海军军旗与清朝国旗相一致，均是方形黄龙旗；而其下从海军大臣旗到统带旗、队长旗，都将黄龙旗缩小置于旗面的西北方，形制与英国自治领/殖民地的国旗/区旗相一致。除了黄龙旗，北洋水师旗帜的另一个常见类型是五色旗，如提督旗、统领旗。
