是的，要全额征收增值税。
普票专票一起超过九万的，因为小规模代开专票是先交了税的，所以季度国税就缴纳普票的增值税，而地税（城建，教育，地方教育）是按照缴纳的增值税（专票+普票）来缴纳，不过有一个季度免两个附加的优惠政策（不需要备案).
按季申报的增值税小规模纳税人季销售额不超过9万元免征增值税；超过这个标准就其全部销售额征收增值税。这个9万元，包括开具的普通发票金额，也包括由国税局代开或者试点地区自开的专用发票金额（按照征收率3%），还包括没有开具发票的销售额。
扩展资料：
小规模纳税人
（1）从事货物生产或者提供应税劳务的纳税人，以及从事货物生产或者提供应税劳务为主（即纳税人的货物生产或者提供劳务的年销售额占年应税销售额的比重在50%以上），并兼营货物批发或者零售的纳税人，年应征增值税销售额（简称应税销售额）在50万元以下（含本数）的。
（2）除上述规定以外的纳税人，年应税销售额在80万元以下（含本数）。
参考资料来源：百度百科-增值税
