中国道教协会本部机关部门有办公室、道教教务处、对外联络处、研究室（道教文化研究所）、中国道教学院、《中国道教》编辑部、服务部等。
办公室
是中国道教协会处理机关日常事务的部门。主要负责人事、财务、总务、日常办公事宜等。
道教教务处
道教教务处是中国道教协会负责全国道教教务工作的部门。它的主要工作任务是协助政府贯彻落实宗教信仰自由政策，调研各地道教情况，维护道教界的合法权益，教育广大道教徒爱国爱教，遵纪守法，管理好自己的宫观，开展正常的宗教活动，引导广大道教徒参加祖国的社会主义建设，自觉地与社会主义社会相适应。
对外联络处
对外联络处是中国道教协会负责与港澳台地区和世界各国进行友好交往事宜的部门。自1986年以来，中国道教协会共派出数十个访问团组，先后出访了十余个国家和地区。接待来访团组400余个，达4万余人。并先后与近30个国家和地区的道教组织、道教信徒和道教学者建立了友好联系。
研究室（道教文化研究所）
研究室下设《中国道教》编辑部。《中国道教》为《道协会刊》于1987年改版后的杂志，国内外公开发行。1987—1998年为季刊，1999年改为双月刊。
服务部
服务部负责道教书籍、宗教用品的流通。
中国道教学院
中国道教学院成立于1990年5月，设在北京白云观内。它是在中国道协所办道教知识专修班和进修班的基础上成立的。1961年，中国道协即拟定了《培养道教知识分子计划大纲》。
