1、 大肠杆菌：引起小儿腹泻的大肠杆菌主要有3种，即致病性大肠杆菌、肠毒素性大肠杆菌和侵袭性大肠杆菌。20世纪60-70年代，致病性大肠杆菌中的几个菌种，如O111、O128及O55等相当猖獗，是当时导致腹泻流行的主要罪魁祸首。近十余年，小儿腹泻的发病人数显著减少，病情也大为减轻，这与人民生活与健康水平不断提高，小儿中致病性大肠杆菌感染减少有密切关系。大肠杆菌肠炎主要特点是水样便。近年，肠毒素性大肠杆菌引起的腹泻则有所增加，除散发病例外，还可在托幼机构发生流行，目前已成为引起小儿腹泻的重要病原菌。
2、 空肠弯曲菌：这虽是近十余年新发现的一种细菌，但也是引起小儿腹泻的常见病原菌。空肠弯曲菌肠炎的特点是，大便多带有粘液和鲜血，往往容易与细菌性痢疾相混淆。这种肠炎也可在托幼机构引发流行。经研究证实家饲猪、鸡的粪便中都存在这种细菌，这一点应引起家长注意。
病毒性腹泻：引起小儿腹泻的病毒有：轮状病毒、ECHO病毒、柯萨奇病毒、小圆病毒及诺瓦克因子等。其中最重要的是轮状病毒。轮状病毒性肠炎多发生于秋季，故又称“秋季腹泻”。临床表现也以水便为主。
