但葫芦品种杂交，可引起遗传性变化，生长出一种苦葫芦，虽然外形与甜葫芦瓜相似，但含有一种植物毒素碱糖甙毒素。
其中甜葫芦含有大量糖分、蛋白质、有机酸和多种维生素，清甜可口，营养价值高，煮汤炒食均可食用。
碱糖甙毒素加热后也不易被破坏，误食数小时后就会发生口干、头昏、恶心、乏力、嗜睡等症状；严重者则会表现为恶心、呕吐、腹绞痛、腹泻、脱水等类似于中毒的症状。很多市民误以为带苦的瓜果像苦瓜一样，吃了会清热败火，食用后反而会导致中毒。葫芦中毒，严重的可造成生命危险，目前尚无特效的治疗药物，只能通过洗胃、催吐、利尿和对症处理，可以多喝浓茶，稀释胃中的植物毒素，情况严重要立即就医。
苦葫芦瓜与正常葫芦瓜在外形上无从鉴别，但苦葫芦瓜具有黄连般的苦味，食用前应用舌尖舔尝有无苦味，苦味者弃去不食。对葫芦瓜的栽培最好采用人工授粉，防止品种杂交结出苦葫芦。
