农村新型合作医疗是国家针对农民实施的一项医疗保障制度，它的基本设计是每位参保农民个人每年交费20元，国家财政每人每年配套80元，构成医疗保险基金，主要用于农民生病住院的费用补助，报销比例为60-75%，最多可报销20000元。它不能报销门诊医疗费用，但参保人一年内没有住院，则可以返回一定的门诊费用。农村新型合作医疗以户为单位自愿参保，不能强迫参保，在一户中不能某些人参保而其他人不参保。
城镇职工个人基本医疗保险是针对城镇职工(包括农民工)实施的一项基本保险制度。它的缴费由个人和单位两部分构成，缴费标准为单位和个人各缴纳月工资的2%，共4%。保险费中一部分根据职工年龄及缴费年限等条件按一定比例划入职工个人医疗帐户，发给职工个人医保卡。个人帐户中的资金可用于指定医院门诊及指定药店购药费用，也可以用于交纳住院时个人交费部分。保险费的另一部分划入统筹帐户，用于职工住院费统筹。职工生病住院可在指定医院住院治疗，享受一定比例的报销。职工个人基本医疗保险为强制保险，用人单位必须为职工个人办理基本医疗保险。
相比来说，职工个人基本医疗保险保障能力强，是必须办的。农村新型合作医疗保险只能报销住院费，且保障能力有限。所以，有了职工个人基本医保，就不用农村合作医疗保险了。
另，两者都要求发票报销，如果两者都保就可能因发票问题而有一方报销不了。
