3号线实现了各站厕所全覆盖。除了江北机场、童家院子、重庆北站、两路口、工贸、南坪设在站台外，其他30多个站都设在站厅。3号线四公里轻轨车站，1楼过渡层和2楼站厅层均设有公共卫生间，但1楼为非付费区，乘客进站前、出站后都可以免费使用厕所。
站内乘客可以在2楼付费区如厕，不用再次刷卡出站。在3号线嘉州站厕所在站厅，需要刷卡出来使用。但这样相当于要多付一次车费。所有设有厕所的站台都会有一个明显的灰色标志，而这个标志就标明了厕所的位置。
重庆轨道交通3号线运行情况
2016年7月14日，重庆轨道交通空港线（重庆轨道交通3号线北延伸段）轨道贯通；同年8月16日，重庆轨道交通空港线通车试运行；同年12月28日，重庆轨道交通空港线（碧津－举人坝）开通试运营。
2017年4月10日，重庆轨道交通空港线运营时间由07:30提前至06:30；同年10月11日，重庆轨道交通空港线运营时间延长至22:30；同年12月28日，重庆轨道交通3号线“江北机场站”更名为“江北机场T2航站楼”站。
2019年12月1日起，重庆轨道交通3号线二塘站更名为重庆交通大学站；五公里站更名为重庆工商大学站。
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