截止2014年12月，同济大学设有36个学院（系）和二级办学机构。
学院 系所
同济大学人文学院
哲学系
历史学系
中国语言文学系
文化产业系
同济大学医学院
基础医学院
预防医学院
口腔医学院 临床医学一系
临床医学二系
临床医学三系
临床医学四系
临床医学五系
同济大学生命科学与技术学院
生物信息学系
生物医药与技术系
分子与细胞生物系
同济大学理学部 海洋与地球科学学院 航空航天与力学学院
物理科学与工程学院 数学系
化学系
同济大学经济与管理学院
建设管理与房地产系
工商管理系
管理科学与工程系
经济与金融系
会计系
公共管理系
同济大学法学院
同济大学政治与国际关系学院
政治学与行政学系
国际政治系
社会学系
国际与公共事务研究院
同济大学建筑与城市规划学院
建筑系
城市规划系
景观学系
同济大学设计与艺术学院
同济大学土木工程学院
建筑工程系
桥梁工程系
地下建筑与工程系
水利工程系
结构工程与防灾研究所
同济大学测绘与地理信息学院
同济大学机械与能源工程学院
现代制造技术研究所
机械设计与理论研究所
机械电子工程研究所
暖通空调及燃气研究所
热能工程研究所
制冷与热工程研究所
工业工程教研室
专业基础教学部
同济大学汽车学院
同济大学电子与信息工程学院
电气工程系
计算机科学与工程系
控制科学与工程系
信息与通信工程系
电子科学与技术系
教育技术与计算中心
CIMS中心
CAD中心
同济大学软件学院
同济大学环境科学与工程学院
环境科学系
环境工程系
市政工程系
同济大学材料科学与工程学院
水泥基材料研究所
无机非金属材料研究所
高分子材料研究所
金属基材料研究所
建筑材料研究所
环境材料研究所
材料化学研究所
同济大学交通运输工程学院
道路与机场工程系
运输管理工程系
交通工程系
交通信息工程系
城市轨道与铁道工程系
同济大学外国语学院
英语系
德语系
日语系
留德预备部
联邦德国研究所
公共英语教学部
同济大学马克思主义学院
同济大学中德学院
同济大学铁道与城市轨道交通研究院
机车车辆研究所 制动技术研究所
轮轨关系研究所 电力牵引控制研究所
动车技术与装备研究所
