主要区别有，科目分类不同、形态特征不同、价值与特点不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、番龙眼
番龙眼，别称金花梨、唐木、胡桃木、绒毛番龙眼。 双子叶植物纲、无患子目、无患子科、车桑子属、番龙眼种。
2、菠萝格
菠萝格，别称格木，斗登风、孤坟柴。 双子叶植物纲、蔷薇目、豆科、格木属、格木种。
二、形态特征不同
1、番龙眼
常绿大乔木，高20余米，最高达50米，树冠阔大，有发达的板根，小枝有直槽，有时被短硬毛。叶甚大，连柄长可至1.5米，叶轴和小叶近无毛至被绒毛；小叶密挤，5-9对，有时达15对，近对生，第一对小，圆形、基部心形、托叶状，其余的长圆形或上部的近楔形，长15-40厘米，宽5-10厘米，顶端短尖或渐尖，边缘有整齐的锯齿，小叶柄短，肿胀。
花序顶生或腋生，主轴和分枝均粗壮而坚挺，长30-50厘米，被微柔毛，花梗长6毫米，基部有关节萼片长约1毫米，被微柔毛，花瓣倒卵状三角形，长、宽均约2毫米，雄蕊长5毫米。果椭圆形或有时近球形，长3厘米，宽2厘米，无毛，有光泽。
2、菠萝格
高约10米，有时可达30米，嫩枝和幼芽被铁锈色短柔毛。叶互生，二回羽状复叶，无毛，羽片通常3对，对生或近对生，长20-30厘米，每羽片有小叶8-12片；小叶互生，卵形或卵状椭圆形，长5-8厘米，宽2.5-4厘米。
先端渐尖，基部圆形，两侧不对称，边全缘，小叶柄长2.5-3毫米。由穗状花序所排成的圆锥花序长15-20厘米，总花梗上被铁锈色柔毛，萼钟状，外面被疏柔毛，裂片长圆形，边缘密被柔毛，花瓣5，淡黄绿色，长于萼裂片，倒披针形，内面和边缘密被柔毛；雄蕊10枚，无毛，长为花瓣的2倍，子房长圆形，具柄，外面密被黄白色柔毛，有胚珠10-12颗。荚果长圆形，扁平，长10-18厘米，宽3.5-4厘米，厚革质，有网脉，种子长圆形，稍扁平，长2-2.5厘米，宽1.5-2厘米，种皮黑褐色。
三、价值与特点不同
1、番龙眼
木材为散孔材，淡红色至红褐色，心边材不明显。微有光泽，无特殊气味，结构细至中，组织均匀，气千容重中等，力学强度指标中至高，体积干缩及弦径向干缩比都很小，干燥快，千后很少变形。加工性能优良，耐腐性强，油漆及胶粘性能好。是重要工业用材和民用材。可供建筑、桥梁、家具、箱盒及农具等用，也是优良的室内装修用材。按材质、花纹、色泽等特点，番龙眼是一种优良的胶合板甩材。
2、菠萝格
菠萝格光泽强。纹理交错，结构中，甚重硬，强度高，干缩甚大。锯困难，易钝锯，锯屑能刺激鼻喉，砂光、车旋、胶黏性能好。很耐腐，抗白蚁。干燥慢，易翘曲和开裂。由于力学性能好，耐久性强，尺寸稳定性好，所以是高级木工，进口非洲菠萝格应用：红木家具和橱柜的理性用材，已经成为红木家具一个主流用材之一。适用于重型建筑、耐久性用材、桥梁、港口和码头用材、枕木、重载地板、车辆、鱼船、工具柄等。
木材暗褐色，质硬而亮，纹理致密，为国产著名硬木之一。可作造船的龙骨、首柱及尾柱，飞机机座的垫板及房屋建筑的柱材等。
参考资料来源：百度百科-番龙眼
参考资料来源：百度百科-非洲菠萝格
参考资料来源：百度百科-格木
