目前中国住房公积金改革的主要难点在于：
1、住房公积金相对开户率低。公积金制度在许多中小城市尚未全面推广，有些地方受部门利益或者地区局部利益的驱动，不愿失去现有的住房福利，不能正确地把握形势，仍然在搞上有政策下有对策。除了主观因素外，还有企业亏损的原因，也有预算经费困难不能到位所形成的遗留问题。由于没有相关的法律，对那些不实行住房公积金制度的单位，政府对它们没有强有力的惩罚措施。
2.住房公积金未能及时缴足。我国经济较发达的城市，如上海、广州、深圳等地，其缴交比率远未达到新加坡25%的水平，其他城市的情况就更不容乐观了。即使这样，不少部门和单位在较低的规定比例内也难以足额缴存，或缴存拖延时间较长，表现出很大的随意性。许多企业由于效益不好欠缴、缓交住房公积金的现象比较严重，已经陷入恶性循环。
3.住房公积金被挤占和挪用。国务院在有关决定中，将住房公积金的属性定为“个人缴交，单位资助，所有权归个人。”但由于认识上的偏差，导致有些单位对公积金重视不够，挤占挪用住房公积金的现象时有发生，还有一些单位对住房公积金只扣除但并不归集，这些行为挫伤了职工参加房改的积极性，影响了国家对整个房改工作的总体安排。
