食品的质量保证是一个过程管理，不只是在最后要做仓储，还要注意使用鲜新，干净的材料。然后注意作到以下几点。
1、冷却，出炉后冷却要注意放在阴凉干燥的地方，注意不要吹大风，像电风扇这样绝不可以，会导致在冷却的过程中水分向饼干底部沉积的。成品包装后容易发霉。
2、冷却到室温，一般四小时内能完成，所以，应该在出炉后四小时内把饼干包装起来，有条件的可以放入干燥剂。我所在单位实验发现，饼干等食物放在常温条件下暴露在空气中，超过四小时，细菌开始发展。曲奇一般一到两小时就能冷却到位，用手摸饼干底部中心位置，感觉是凉的，就差不多了。
3、贮藏温度，包装好的饼干储藏温度最好是在5到26度之间，低了，水分会慢慢折出，在包装袋等材料内壁形成水雾，当时这个温度肯定是没有问题的，但等到再放入常温条件时，水分就是细菌之源。高了，则会导致乳酸菌等发展。
如果作到上述的条件，曲奇饼干一般保质期在半个月以上。
