在这一部里，数码宝贝世界出现了新的危机——感染数码兽。并且这次人类世界也受到了波及，因为感染的数码兽会通过“错位”进入到人类世界。
自然我们的主角团和他们的数码宝贝再次在人类世界齐聚。这一次还有一对新拍档出现——望月芽心及她的宠物宝贝缅因猫兽。《数码宝贝大冒险tri》中主角们都已长大，同时也面临着童年向左，现实向右的问题。
代表勇气的太一在整个剧情中显得畏手畏脚，代表友情的阿和反倒是变的鲁莽、冲动，代表爱心的素娜苦于太一、阿和的三角爱情中（他们三个人都各自认为自己是第三者...），代表知识的光子郎情窦初开于美美，代表纯真的美美被朋友指责以自我为中心，代表诚实的阿助进入补校、陷入高考危机，代表希望的阿武一副花花公子的模样，代表光明的嘉儿被网友评为心机girl。新角色芽心倒是像《魔法少女小圆》中未成为魔法少女的晓美焰般害羞、保守。数码宝贝们也因为感染数码兽的原因在人类世界受到排斥。
