约翰霍普金斯大学研究生项目学费因学院不同而有所不同，如文理学院通常开设有PhD项目，被录取的学生可获得全额奖学金，涵盖全部学费；文理学院和工程学院2019-2020学年学费标准为$48,710；公共卫生学院2019-2020学年学费标准为$48,960；护理学院2019-2020学年学费标准为$36,530-$54,864；教育学院2019-2020学年学费标准为39,000-$48,000；高级国际研究学院多数项目2019-2020学年学费标准为$42,992；音乐学院学费未详。
医学院生物医学科学PhD项目学生如被录取，均可考虑授予学费减免奖学金和Fellowship奖学金，涵盖学费、医疗保险和生活补助，2019-2020学年学费标准为$47,250，生活补助标准为$29,802。
