按照最高人民法院有关的司法解释，企业合并分为吸收合并、新设合并两种形式。无论采取哪种合并方式，都要采取以下程序：
1.初步确定合并方和被合并方企业
合并方和被合并方企业一般通过产权市场或者直接洽谈的方式予以初步确定，实践中，由于现有产权市场存在诸多不规范之处，因此采取直接洽谈或者自找对象确定合并方和被合并方的情形较为常见。
2.清产核资和财务审计
企业采取合并形式进行改制的，应当对被合并方企业各类资产、负债进行全面、认真的清查，以核实债权、债务关系及财产清单。要按照“谁投资、谁所有、谁受益”的原则，核实和界定资本金及其权益，涉及国有企业合并的要防止国有资产在合并中流失。
国有企业合并，必须由直接持有该国有产权的单位决定聘请具备资格的会计师事务所进行财务审计。如果经过合并，企业改制为非国有制企业，还要对企业的法定代表人进行离任审计。被合并企业必须按照有关规定向会计师事务所或者政府审计部门提供有关财务会计资料和文件。
3.资产评估
国有企合并过程中转换成股份制企业的，也要进行资产评估，以防止国有资产流失。资产评估的范围包括固定资产、流动资产、无形资产(包括知识产权和商誉，但是不包括以无形资产对待的国有土地使用权)和其他资产。对于非国有投资者合并企业的，由直接持有该国有产权的单位决定聘请具备资格的资产评估事务所对资产进行评估。对于其他形式的合并，应当按照《国有资产评估管理办法》的规定，对国有资产实施评估。
首先，被合并企业应当向国有资产管理行政主管部门申请评估立项，并呈交财产目录和有关的会计报表等资料。然后，由国有资产管理行政主管部门进行审核。如果国有资产行政主管部门准予评估立项的，申请单位应当委托资产评估机构进行评估。按照现行法规及其政策的规定，持有国务院或者省、自治区、直辖市人民政府国有资产评估资格证书的资产评估公司、会计师事务所、审计事务所、财务咨询公司，以及经国务院或者省、自治区、直辖市人民政府国有资产管理行政主管部门认可临时评估机构，可以从事国有资产的评估工作，被兼并企业应当委托上述单位进行资产评估，对于委托不属于上述机构进行资产评估的，不予认可。资产评估机构接受委托进行资产的评定和估算后，要向委托单位提出资产评估结果报告书。最后，委托单位将资产评估报告书报其主管部门审查，主管部门审查同意后，报同级国有资产管理行政主管部门确认资产评估结果。经过确认的资产评估结果，国有资产管理行政主管部门应当下达确认通知书。没有进行资产评估而签订出售协议的，应当认定协议无效。
4.确定产权低价
合并企业应当以有关主管部门确认的评估值为依据，合理确定出售底价。并可以通过拍卖、招投标的方式确定成交价。成交价不得低于底价(但是允许成交价在底价的基础上有一定幅度的浮动，如果浮动价低于评估价的90%，要经过同级国有资产管理部门的批准)。未按照规定进行评估的，一律不予办理产权变动手续。以招标、投标方式确定成交价的，应当依照《招标投标法》的规定处理。对于自找对象的企业合并，可以协商议价，但是议价不得低于评估值所确认的底价。被合并的企业属于全民所有制企业性质的，成交价应当由国有资产管理部门予以确认。
5.签署合并协议和转让价款管理
成交价确定后，合并双方的所有者应当签订合并协议。全民所有制企业被合并的，由各级国有资产管理部门负责审核批准。尚未建立国有资产管理部门的地方，由财政部门会同企业主管部门报同级政府作出决定。为了使合并工作顺利进行，应当征求被合并方企业职工的意见，并做好职工的思想工作。职工不同意合并，不影响合并协议的效力。集体所有制企业被合并的，应当由职工代表大会讨论通过，报主管部门备案。集体所有制企业被合并未经职工代表大会通过的，合并协议不生效。因未获通过导致合并协议无效的，按照合同法有关缔约过失责任的规定处理，合并企业也可以就其所受的损失主张赔偿。
