尽管陈云在1956年9月中共八大上就已经提出了“三个主体、三个补充”的经济思想，但是这一真知灼见并没在当时贯彻下去。八大在提出要实行适度调整单一公有制和统一计划经济体制的灵活政策的同时，仍然把单一纯粹的社会主义作为奋斗目标。结果，在国家政策的制定和具体实施过程中不免出现矛盾和摇摆。1957年夏开展的反对资产阶级右派斗争，以及中共八届三中全会重申“无产阶级和资产阶级的矛盾，社会主义道路和资产阶级道路的矛盾，毫无疑问，这是当前我国社会的主要矛盾”。[28]这些都与八大路线上的矛盾有着密切关联。1958年4月，中共中央决定“继续加强对残存的私营工业、个体手工业和对小商小贩进行社会主义改造”，陈云提出的“三个主体、三个补充”经济思想就无法再贯彻实施了。
但是，陈云“三个主体、三个补充”经济思想并没有就此沉寂。1978年底中共十一届三中全会重新确立了实事求是的思想路线，强调要注意解决好国民经济重大比例严重失调等问题出发，必须采取一系列新的重大措施，对陷于失调的国民经济比例关系进行调整，并且对权力过分集中的经济管理体制着手认真的改革，在自力更生的基础上积极发展同世界各国平等互利的经济合作，努力采用世界先进技术和先进设备，并大力加强实现现代化所必须的科学和教育工作。这些新提法使得陈云“三个主体、三个补充”经济思想有机会发挥它应有的活力，为中国新时期改革提供科学的理论支持，中国的改革从此进入一个新的阶段。
1979年3月8日，陈云写出《计划与市场问题》的提纲，再次阐明他对计划与市场关系的基本思想。他指出，1917年后的苏联和1949年后的中国实行计划经济，都是按照马克思所说的有计划按比例办事的。当时这样做完全对，但缺点是没有根据已经建立社会主义经济制度的经验和本国生产力发展的实际状况对马克思的原理加以发展，即只有“有计划按比例”这一条，没有在社会主义制度下还必须有市场调节这一条。整个社会主义时期必须有两种经济：一是计划经济，二是市场调节部分。在今后经济的调整和改革中，计划与市场这两种经济的比例的调整将占很大比重。不一定计划经济部分愈增加，市场经济部分所占绝对数额就愈缩小，可能是都相应地增加。[29]
1982年，陈云又把市场和计划的关系，比作鸟和笼子的关系。“鸟”是市场调节下的经济，“笼子”是国家的计划指导。说鸟捏在手里会死，没有笼子鸟就飞了。国家计划就是“笼子”，市场调节只能在计划许可的范围内。他认为，搞活经济是在计划指导下搞活，不是离开计划指导的搞活，要防止在搞活经济中出现摆脱国家计划的倾向。同时他又强调：作为国家计划的“笼子”，大小要适当，该多大就多大；经济活动不一定限于一个省、一个地区，甚至不一定限于国内；在国家计划指导下，可以跨省、跨地区，甚至跨国、跨洲，计划也应当经常调整。总之，搞活经济，市场调节，只能在计划许可的范围以内发挥作用，不能脱离计划的指导。[30]
上个世纪80年代，我国经济体制改革基本上是按照陈云的“三个主体、三个补充”经济思想展开的。在全国范围内改变了过去那种高度集中的计划经济体制，实行计划经济为主、市场调节为辅的方针，采用指令性、指导性计划和市场调节三种管理方式，促进了经济发展，增强了经济活力。在实践中，人们更进一步认识到市场调节的积极作用，从而产生了对社会主义经济认识上新的飞跃和突破。于是，就有1984年10月下旬中共十二届三中全会上讨论并通过的《中共中央关于经济体制改革的决定》，确立了社会主义有计划的商品经济理论，这在社会主义市场经济体制具有历史转折性意义。
1987年10月底，中共在北京召开的十三大确定建立“国家调节市场，市场引导企业”的新的经济运行机制，进一步加快和深化改革。1992年10月中旬，中共十四大召开，提出建立社会主义市场经济的改革目标，不再以“计划经济为主，市场调节为辅”的思想为指导方针了，但，这还是在陈云开创的探索社会主义建设的道路上，迈出的新的一步。1997年9月召开的十五大提出高举邓小平理论伟大旗帜，建设有中国特色社会主义事业的理论。2003年10月，中共十六届三中全会审议通过了《中共中央关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》。《决定》首次强调了经济、社会的协调发展；提出股份制是公有制的主要实现形式，在所有制和社会主义经济体制的认识上实现了又一次重大突破；提出建立健全“归属清晰、权责明确、保护严格、流转顺畅”的现代产权制度，首次为民营资产提供了保护，为资产的规范流动扫除了障碍。这些改革成就中，我们都可以看到陈云“三个主体、三个补充”经济思想所起的铺垫、引导和奠基作用。
