学院设有16个党政管理部门：校长办公室（党委办公室）、党委组织部（党委统战部）、党委宣传部（信息中心、校报编辑部）、人事处（离退休工作处）、系统建设办公室（发展规划处、督导室）、教务处（导学中心、示范与骨干高职建设办公室）、学生处（党委学生工作部、毕业生就业指导中心、院团委）、科研处（政策研究室、高等教育研究所、学报编辑部）、招生办公室（自考办、奥鹏远程教育重庆管理中心）、对外合作处（外事处、校企合作处、校友会办公室）、财务处、监察审计处（纪委办公室）、保卫处（武装部、安全稳定办公室、国家安全领导小组办公室）、基建处、校区管理办公室（后勤与资产管理处）、学分银行管理中心（学籍管理中心、国家开放大学学分银行学习成果认证分中心（重庆））；10个二级学院：直属学院（软件工程学院）、继续教育学院（开放教育学院、广播电视中专学校）、两江学院、旅游与文化学院（文法学院、基础教学部）、财经管理学院、机电工程学院、建筑学院、电子信息工程学院、汽车工程学院、传媒艺术学院。重庆工商职业学院机构设置 （一）党政管理部门 1．校（院）长办公室（党委办公室） 2．党委组织部（党委统战部） 3．党委宣传部（信息中心、校报编辑部） 4．人事处（离退休工作处） 5．系统建设办公室（发展规划处、督导室） 6．教务处（导学中心、示范与骨干高职建设办公室） 7．学生处（党委学生工作部、毕业生就业指导中心、院团委） 8．科研处（政策研究室、高等教育研究所、学报编辑部） 9．招生办公室（自考办、奥鹏远程教育重庆管理中心） 10．对外合作处（外事处、校企合作处、校友会办公室） 11．财务处 12．监察审计处（纪委办公室） 13．保卫处（武装部、安全稳定办公室、国家安全领导小组办公室） 14．基建处 15．校区管理办公室（后勤与资产管理处） 16.学分银行管理中心（学籍管理中心、国家开放大学学分银行学习成果认证分中心（重庆）） （二）二级学院 17．直属学院（软件工程学院） 18．继续教育学院（开放教育学院、广播电视中专学校） 19．两江学院 20．旅游与文化学院（文法学院、基础教学部） 21．财经管理学院 22．机电工程学院 23．建筑学院 24．电子信息工程学院 25．汽车工程学院 26．传媒艺术学院 （三）教辅机构 27．技术与资源中心（远程教育中心） 28．图书馆（档案馆）
