1、办公室
主要职能：负责拟订全市教育事业中长期发展规划和年度工作计划；负责文电、会务、机要、档案、公文处理、事务等机关日常运转工作；负责教育宣传工作；承担信息、安全、保密、政务公开、计划生育、提案建议办理、离退休干部、双拥、综合治理、节能减排和其他需要综合协调工作；负责全市教育系统对外交流和国际合作工作。
2、人事科（党委办公室、大中专院校毕业生就业指导服务办公室）
主要职能：负责局机关和直属单位人事、职称、劳动工资、机构编制、年度考核等工作；配合有关部门做好市直教育系统的干部任免工作；综合协调办理党务工作；指导全市教育系统人事人才工作，规划并指导全市教育行政干部队伍建设、各级各类学校校长管理、教师配置；负责全市教师资格认定、教育系统表彰奖励（含特级教师管理）以及专业技术职务评审工作；负责教师节相关工作；指导全市各级各类学校人事和分配制度改革；负责全市研究生、大中专毕业生的就业指导和政策咨询服务工作。
3、计划财务科 （学校校舍建设办公室、学生资助管理中心）
主要职能：负责全市教育信息、教育经费投入和教育基建情况的统计与分析工作；编制各级各类学校年度招生计划；负责机关财务的财务核算；指导并审核直属单位、直属中小学校的经费预算和决算、国有资产管理，并监督资本运营；监督管理直属单位、直属学校的基建投资；负责直属单位和学校的教育内部审计。负责落实中小学贫困家庭学生和中等职业学校学生资助政策；统筹管理教育基建项目专项拨款和对教育的捐赠援助款及贷款；监督管理直属学校收费；指导全市中小学校园规划建设、网点布局结构调整和校舍安全管理。
4、基础教育科（中小学德育工作办公室、语言文字工作办公室）
主要职能：统筹管理全市普通中小学教育、幼儿教育、特殊教育工作；协助制定全市中小学教育、幼儿教育、特殊教育发展规划；指导全市中小学教育、幼儿教育教学研究与改革；指导并监督管理中小学校落实国家课程、教材的选用；归口管理中小学校、幼儿园的体育卫生艺术教育、心理健康教育、国防教育、安全教育等工作；负责市本级中小学、幼儿园的设置及更名的审核、申报工作；归口管理全市公办高中学校的设置、更名、调整与撤销；审批或审核全市社会力量举办的普通高中、高中阶段文化补习学校；依法履行民办高中办学许可证管理、有关备案、核准等管理职责。统筹管理全市普通高中毕业证书的发放和学籍管理工作；指导扫除青壮年文盲工作；指导全市中小学信息技术建设、电化教育和图书、教学仪器设备配备工作；协调和指导全市青少年活动场所建设和管理工作；统筹管理全市语言文字工作，负责普通话培训与水平测试工作；指导中小学德育工作；协调并指导全市中小学、幼儿园的工、青、妇及少先队工作。
5、职业教育与成人教育科
主要职能：承担职业教育统筹规划、综合协调和管理工作，统筹管理全市普通及成人中等职业教育、师范教育、成人文化技术教育；负责研究提出全市中等职业学校管理体制改革和布局结构调整和普通高等学校函授教育辅导站、中等专业学校的设置、更名、调整与撤销的建议；指导中等职业教育和成人中等教育教学改革、教材建设、技术等级考试考核和学籍管理工作；指导和协调城市、农村教育综合改革实验工作；规划并指导教师教育基地建设工作；负责管理全市中小学校长、教师的培训工作；负责教师师德师风建设工作；指导全市社区教育工作；统筹管理全市现代远程教育工作；统筹管理全市民办职业教育工作；拟订全市民办职业教育管理的有关政策和规章制度；监督管理民办职业学校（含民办普通高中职高部）及其他职业教育机构。审批或审核全市社会力量举办的中等职业学校、国家学历文凭考试学校及其它职业教育机构；依法履行民办职业学校（含民办普通高中职高部）及其他职业教育机构办学许可证管理、年检、有关备案、核准等管理职责。对口负责中等职业学校的安全教育和管理工作。
6、安全与维护稳定工作办公室 （学校及周边综合治理工作领导小组办公室）
主要职能：统筹协调维护学校安全稳定和学校安全管理工作;督促、指导学校落实安全稳定防范措施；协调处置安全稳定重大事件；履行吉安市综治委学校及周边综合治理工作领导小组办公室职责，协助指导学校社会治安综合治理工作；负责教育信访管理工作和直属学校的安全稳定工作；负责指导教育系统信访管理工作。受理涉及市教育局工作方面的群众来信来访；检查指导全市教育系统信访工作。
7、吉安市人民政府教育督导室
主要职能：统筹规划、组织实施全市教育督导工作，负责对贯彻执行教育法律、法规、方针和政策情况的督导检查；负责全市“两基”的巩固提高工作以及县（市、区）、乡（镇）人民政府及有关行政部门履行教育工作职责情况督导检查；指导全市中等及中等以下学校及其他教育机构完成上级教育行政部门的督导检查和评估验收。
8、监察室
监察室为市监察局的派驻机构。
