樱花根癌菌是一种土壤习居菌，雨水、灌水、地下害虫、修剪工具、病组织及有病菌的土壤等均可传病。低洼地、碱性地、黏土地发病较重。
防治方法 选用无病土壤栽植，尽量不要栽植于以前种植过樱花或桃、梅、李等蔷薇科核果类树木的地方。选用抗病砧木，出圃苗木要严格淘汰病苗，对可疑带病苗木可用0.5〜1波美度的石硫合剂或30倍液K84等药剂浸根消毒。
加强肥水管理，促进根系健壮生长。防治地下虫害。避免在根颈部造成伤口，对已经出现的伤口要及时进行消毒和保护。
如果樱花树无论如何加强肥水管理也不能恢复树势，应怀疑其根部长有根瘤。对确定根部长有根瘤的樱花树，应进行根部外科手术和换土复壮工作，具体方法如下：耙开樱花根部，发现根部肿瘤应彻底切除。附着在较细树根上的根瘤可轻易剔除，中粗根上的根瘤可用利刀切除，对于生长异常坚固的大根瘤，必须用小型电锯将其切除。切口要进行严格的消毒和保护，并在根系周围浇灌药液。切下的根瘤必须集中烧毁，以预防病菌重新感染。
根部处理后，应立即将樱花树重新栽好。栽植时应将旧土运走，换上配制好的无菌新土。新土一般用腐叶土、园土、粗沙按2∶4∶1的比例配制。配制时可适量加入一些磷钾肥，使用时可拌上适量杀菌剂进行预防。
