要弄清这两个账户之间的区别，首先要明确资金进入哪个账户才算正式投资。这涉及到投资管理费和投资收益率的起算时间，基金管理公司后台的基金会计人员需要据此建账并开始进行日常估值，稽核人员也需要据此建立稽核系统，劳动保障部和证监会等监管部门还需要据此统计各家投资管理人的企业年金业务开展情况，所以这一问题的明确非常重要。
只有当资金从受托财产托管账户划入投资资产托管账户时才算是正式投资的开始。这是由受托财产托管账户与投资资产托管账户二者功能的区别决定的。受托财产托管账户起到一个“蓄水池”的隔离和过渡作用，其用途和功能较多，因此其存款余额也会经常性地发生变化；如果把受托财产托管账户的这些功能移交给投资资产托管账户承担，委托资产管理金额将会经常性地发生变化，势必造成投资管理人穷于应付，投资收益率的评估测算进而投资管理费的计算都会复杂得多。正是由于受托财产托管账户的存在，投资管理人面临的环境才会相对单纯，从而能够全身心地进行投资。特别是在一个
企业年金项目选择多家投资管理人的时候，这个问题就更清晰了：当资金还在受托财产托管账户中时，谁也不知道各家投资管理人当时实际管理的准确金额，此时也尚未进行实际投资；只有当受托人向托管人下达投资分配指令、托管人将受托财产托管账户中的资金划入相应投资管理人投资组合的投资资产托管账户中时，才能表明资金已经正式开始投资。
其次，要明确管理费从哪个账户支付。受托管理费、托管费和投资管理费三项管理费应该从企业年金资产中支付，对此各方均无疑义，但是究竟是从哪个托管账户中支付，现有的政策、规章中均未明确。笔者认为，以从受托财产托管账户中支付为宜。这是因为，受托财产托管账户本身就应该承担与投资清算没有直接关联的各项功能；应当尽量保证投资资产托管账户中资金进出的稳定，剔除非投资因素的干扰，使投资管理人有相对单纯的环境专心处理投资工作，这也应该是追求企业年金资产保值增值的企业及职工的理性选择。
再次，要注意投资资产托管账户与
证券账户、结算备付金账户的区别。有的人分不清楚这三者的区别，甚至认为后两者都属于不同类型的投资资产托管账户。实际上区别很明显，投资资产托管账户只是一个银行存款账户；证券账户是托管人根据受托人的授权，以企业年金基金的名义在中国证券登记结算公司上海、深圳分公司开立的，用于企业年金的交易所证券投资；结算备付金账户则是由托管人以自身的名义在中国证券登记结算有限公司上海、深圳分公司开立的，用于企业年金基金资产的资金清算与交割。
