1、129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件
柯南的班级转来了灰原哀。隔壁班级的一个男孩因为哥哥下落不明而来委托少年侦探团。寻找的时候发现了一个黑衣女子的身影。
2、138最后上映的杀人事件（前篇）
少年侦探团去看大怪兽歌美拉的电影。因为那个电影院已经决定关闭了，所以没什么客人。看电影的时候发现画面上有影子，回头看的时候有个男子上吊死了，而尸体在摇晃。
3、178与黑暗组织的再会（解决篇）
柯南找到犯人的线索。但是混杂在人群中的小哀被什么人带走了！回到原来雪莉的身体的小哀，琴酒和伏特加来到了关她的房间，她从壁炉的烟囱里想办法逃了出来。
4、231谜一样的乘客（后篇）
突然灰原开始颤抖，这时有个两个男人持枪劫持巴士。柯南等人遇到了巴士劫持，柯南发现到除了这两个男人之外还有一名同伙。劫持犯以为可以无事脱逃却不意启动了炸弹的起爆装置。
5、247陷入网中的谜团（后篇）
柯南等也到同一个餐厅吃饭，听说与这几个渔夫相约的人在海边溺死了。伊豆海边发生了杀人事件。当地渔父、与被害者有争执的三名嫌疑人因为有不在场证明，看起来不可能实施犯罪行为，但柯南的推理证明不在犯罪现场也可以实施。
