曼联足球俱乐部历史上最惨重的灾难是发生于1958年2月6日的慕尼黑空难。
载着英格兰足球联赛球队曼联职业球员、球迷及随队记者的英国欧洲航空公司（BritishEuropeanAirways，即现在的英国航空公司）第609次航班空速“大使”型（AirspeedAmbassador）专机“波利勋爵号”，在西德慕尼黑机场积雪的跑道上第三度尝试起飞时失败撞毁。机上44名乘客及机组人员当中23人罹难，罹难者包括8名曼联球员及3名职员。当时年仅21岁、被喻为英格兰明日之星的球员邓肯·爱德华兹身受重伤，留院多日后终告不治。
空难为当时的曼联带来沉重打击：八名球员、一名教练及一名训练员罹难，另外两名球员亦因伤而被迫退休。主教练马特·巴斯比亦因受重伤而需留院两个多月。当时很多人以为曼联就此关门大吉，但在暂代主教练吉米·墨菲（JimmyMurphy）的带领下，以预备队及青年军球员为骨干的曼联仍能勉强完成该球季。空难后首场比赛更以3-0击败谢菲尔德星期三足球俱乐部，而这场比赛的场刊本来载有曼联球员名单的地方变成留白，因为当时球队根本无法提供会披甲上阵的十一名球员的名字。
缺少了多名巴斯比宝贝及主教练马特·巴斯比的曼联在该届联赛表现差劲，却能晋级英格兰足总杯决赛，但最终以0-2不敌博尔顿。翌季马特·巴斯比复出领军，并着手重建球队，提拔乔治·贝斯特及丹尼斯·劳等多名优秀球员。这些新球员加上于空难中幸存的博比·查尔顿及比尔·福尔克斯等原有球员组成新一代阵容，并在空难十年后（即1968年）的欧洲冠军球会杯决赛中击败葡萄牙球队本菲卡，夺得球队第一个欧洲冠军球会杯殊荣。
慕尼黑空难给曼联造成了毁灭性的的打击，从主帅，队长，球星，主力等等等等，这场空难让曼联损失了几乎所有的主心骨。至今，仍有部分对赛曼联的球队球迷重提该次空难或以手势比划模仿撞机，以嘲弄曼联球迷，经常被各方谴责。
