目前复旦有校外捐赠的专项奖（助）学金约40项，金额近300万元。其中10000元的高额专项奖学金获得者全部通过公开答辩的方式产生，涵盖了复旦文理医三大学科门类；公开答辩不仅提升了奖学金评审制度的透明度和公开度，而且更好地发挥了奖学金的激励和导向作用。
为进一步提高研究生培养质量，复旦自2007年9月起实施培养机制改革。根据改革方案，非定向博士生学业奖学金覆盖面不低于90%，一等奖奖额10000元；非定向硕士生学业奖学金覆盖面不低于70%，一等奖奖额8000元。此外，优秀学生还可以申请专项奖学金。
