一开始柯南和基德相遇，之后青子想拿枪对付基德却得知他的身分是快斗，柯南让快斗养好伤后，之后组织得知新一的女友小兰知道新一还活著并带她到组织，后来跟组织见面要利用她引出新一和雪莉，为了救兰，柯南决定吃下灰原开发的解药，但没想到却被掉包成毒药死去，快斗为了新一受伤，哀也被组织抓走。平次等人些许无法接受事实，还一度想要确认真假。之后却发现新一的遗体消失!他们知道这是组织的阴谋，因此想尽办法想对抗组织!白马则假扮琴酒潜入组织，把灰原救出。
另外在贝姐的帮助下兰也成功脱逃~但是却发现新一已死的消息，再难过之际他希望贝姐帮忙，因为她深信新一没死。结果新一的确没死，而是假死!之后不知新一未死的基德为了新一想去报仇，就拿自己当诱饵，逼组织出来，没想到遇上和叶~他和受伤的快斗在一起，一起面对突来的组织，之后新一和平次成功出现在组织面前，和FBI一起。他们组织见事不妙撤退。
但新一体内确有组织一直想要的东西~也就是潘多拉之石，能够让人起死回生的力量，所以组织三番两次试著拿回新一，还起了冲突。同时还想让新一体内的潘多拉觉醒。他们向前进入组织的本营，希望能得知一些消息，不料新一却以潘多拉的形式出现在快斗~平次~和白马面前，说是敌人。另一方面三位女孩(和叶~青子~小兰)随后跟去，结果原来一切都是新一演戏，让琴酒被FBI围住，最后死去。但是却同时让他们6人(3组情侣)掉入地下基地之中，有如迷宫。他们三队分别走向不同的道路。FBI也跟著进入~灰原也吃下解药让自己恢复成人，之后进入地下后战争爆发~
原来他们得知BOSS有两人，而他们都是为了他们的父亲的爱人，所以也有了他们父亲的记忆，为了让他们父亲<西里斯宽人>的爱人<池泽加代>复活，但那女子爱的却不是他，而是另外的人，是工藤家的人(也就是工藤优作的父亲工藤胜平)，但是却因为婚事和黑羽家的人(正确来讲就是黑羽盗一的父亲黑羽保治)结婚，结果黑羽也有自己喜欢的人<宫野明智>(也就是灰原的奶奶)，所以就没有和她发生什麼关系，他们彼此爱著自己所喜欢的人，但是因为前任BOSS只是个家朴，为了得到她，设计谋让黑羽保智和加代发生关系!还把事情告诉双方家族，让两个家族彼此仇恨。结果是事实被黑羽和工藤知道后很生气，於是为了确保潘多拉(原本就是黑羽家代代相传的心脏。可让人起死回生)於是藉机把工藤优作和黑羽盗一两人的身分调换~所以真正的潘多拉在新一体内，而非黑羽快斗体内，所以这一个掉换的动作整整欺骗了宽人(前任BOSS)好几年，最后加代是因为受不了和宽人在一起而自杀，所以才会想要让她复活。
但是寿命不长，只好跟之前是黑羽的女友(也就是灰原的奶奶)发生关系，生下了两个BOSS~(也就是现在和新一作对的两个BOSS)，还把记忆注入他们的脑中，希望他们找出潘多拉的下落，得知所有真相的几人。也知道组织之前之所以杀害盗一的理由也是为了得到潘多拉之石，他们3组人马在地下除了得知真相，还和FBI毛利~工藤夫妇~雪莉一起下去，目前来在战斗中，结果因为黑衣人的数量围攻，快斗受伤，小兰和新一不得不分离，让新一单独面对大BOSS~小BOSS则是被打败，平次也为了不让新一单独作战而前往，目前新一对上BOSS~而平次和和叶也跟著过去，连小兰和哀(雪莉之所以变回来是因为小身子打开密道让FBI的人能够从黑衣人的站场逃脱)他们也陆续要赶往新一的地点
快斗则和青子跟著一名老先生来到新一面前(后来得知那是快斗的父亲还未死亡!)之后快斗因为之前受伤而昏迷，新一因为和快斗身分调换而备感愧疚，决定救快斗(也是新一的弟弟)一命，想利用潘多拉救活他让他的中伤医好~於是和大BOSS谈条件，如果他能协助他救醒快斗，那他就救活加代。。。。。。。。
好目前潘就连载到这里~如果想要看详细内容，可以到无水版看!
潘多拉的微笑<无水版>
漓姐还在更的
