一、行区政域不同
大兴安岭分为内蒙古大兴安岭和黑龙江大兴安岭，位于内蒙古自治区东北部和黑龙江省北部。东北西南走向，为中国的著名山地。东北起自黑龙江南岸和额尔古纳河，南止于赤峰市境内西拉木伦河上游谷地。
小兴安岭位于中国黑龙江省东北部，地处北纬46°28′至49°21′，东经127°42′至130°14′。北部以黑龙江中心航线为界，与俄罗斯隔江相望，边境线长249.5千米，是中国东北边疆的重要门户。林业施业区划面积386万公顷。
二、山脉走向不同
大兴安岭是东北西南走向，山岭东部陡峻险要，阶梯地形显著，西部和缓，逐渐没入内蒙古高原。山体比较浑圆，山脊不够明显，山顶缓平。山地中有面积较大的低山丘陵和山间盆地、山间冲积一洪积平原、河谷平原等。
小兴安岭是从北向东南走。小兴安岭属低山丘陵，地理特征是“八山半水半草一分田”。北部多台地、宽谷；中部低山丘陵，山势和缓；南部属低山，山势较陡。最高峰为平顶山，海拔1429米。西部铁力市位于松嫩平原，地势呈波状。
三、主要树种不同
大兴安岭有兴安落叶松为主的针叶林带和白桦为主的阔叶林带，是我国重要的林业生产基地，素有“绿色宝库”之称。小兴安岭主要树种有红松、云杉、冷杉、兴安落叶松、樟子松、水曲柳、黄菠萝、胡桃楸、杨、椴、桦、榆等，藤条灌木遍布整个施业区。
四、种族的演变不同
秦朝由共同的祖先-东胡演化为大兴安岭的鲜卑（北岭）和契丹（南岭）；小兴安岭的扶余氏和长白山的勿吉，之后小兴安岭演化为室韦，生存了很久，终被契丹演化成的大辽所灭，之后又改称为大金、满清。
