按照法律法规的规定:对违反规定发生被盗、丢失专用发票的纳税人，主管税务机关必须严格按《中华人民共和国税收征收管理法》和《中华人民共和国发票管理办法》的规定，处于一万元以下的罚款，并可视具体情况，对丢失专用发票的纳税人，在一定期限内（最长不超过半年）停止领购专用发票。
纳税人遗失发票应向税务机关提供书面报告和有关部门证明发票遗失的材料、《发票领购簿》、《发票遗失报告表》，经税务机关审核无误，在《发票遗失报告表》上签署意见后，应在本市报刊或者其他媒体上进行公告,待纳税人公告声明作废后，税务机关再根据以下两种情况进行处理：
一、使用发票的单位和个人丢失发票，一律于发票丢失当日或次日（节假日顺延）书面报告主管税务机关，并公告声明作废。
二、使用发票的单位和个人丢失税务机关门前开具的发票时，可凭该发票的完税凭证向税务机关申请重新开具，税务机关重新开具发票时应在备注栏或空白地方填写丢失发票的取得单位、字轨、金额、编码、号码及丢失发票对应的完税凭证号码，记帐时附上丢失发票的其他联次作为合法入帐凭证，不再补税。
不能出示该发票的完税凭证而申请重新开具发票的，一律按规定补税。
三、开具发票的一方丢失已填开的发票联，应重新开具发票交对方入帐。重新开具发票时应在备注栏或空白地方填写丢失发票的取得单位、字轨、金额、编码及号码，记帐时附上丢失发票的其他联次作为合法入帐凭证。丢失发票只有发票联的，记帐时应附上取得发票方出具的曾于X年X月X日取得XX发票，说明取得发票单位名称、购货或服务的单位数量、单价、规格、大小写金额、发票字轨、发票编码、发票号码等的书面证明作为合法入帐凭证。
四、取得发票的一方丢失已填开的发票联，可向开具发票方申请出具曾于X年X月X日开具XX发票，说明取得发票单位名称、购货或服务的单位数量、单价、规格、大小写金额、发票字轨、发票编码、发票号码等的书面证明，或要求开具发票方提供所丢失发票的存根联或记帐联复印件，经主管税务机关审核后作为合法凭证入帐，一律不得要求开票方重复开具发票。
按照《发票管理办法》及《国家税务总局关于被盗、丢失增值税专用发票的处理意见的通知》（国税函发[1995]292号）文的规定，丢失专用发票需要在中国税务报上刊登遗失声明，税务机关视情节，有权处以1万元以下的罚款。国税发[2002]10号文对丢失防伪税控系统开具的专用发票做了新的规定，对于已认证通过的专用发票，只要销货方税务机关开具已抄报税证明单，经购货方税务机关审核批准后，凭证明单和存根联复印件就可以作为抵扣凭证。
