香港站设有5层公开开放的部份，其中车站楼层大部份均在国际金融中心的主结构内，国际金融中心商场更与出入口相连。香港站地面为出入口、机场快线市区预办登机服务柜台、停车场及落客区；L1层主要为商店、通道通往停车场、机场快线月台、东涌线大堂；L2层为机场快线大堂、的士站、机场快线穿梭巴士站、1号月台及预留的2号月台供日后扩建之用；L3层为东涌线大堂及市区线收费区内转乘通道连接德忌利士街大堂与中环站大堂；L4层则为东涌线的3号及4号月台。
另外，南大堂同时设有3层公开开放的部份，包括地面的C出入口；L2层大堂；及L3层市区线收费区内转乘通道连接东涌线大堂或中环站大堂。 香港站共设有4个大堂：机场快线市区预办登机服务大堂、机场快线大堂、东涌线大堂及德忌利士街大堂。
机场快线市区预办登机服务大堂，主要为乘客预先办领登机证及付运行李，无须等候至机场登机柜台办理，不过乘客必须预缴车资方可使用此服务。大堂设有航班显示屏、行李寄存服务及车站商店，并与国际金融中心商场相连，乘客在此可得知航班资讯，亦可购物及进膳。机场快线大堂与1号月台、机场快线穿梭巴士站及的士站相连，乘客无须拖行行李前往月台，大堂设有行李寄存服务及车站商店，乘客可购物及进膳，才入闸乘坐机场快线列车前往香港国际机场。
东涌线大堂，大堂位于香港站建筑群地底，连接中环站至香港站及车站附近建筑群，故成为香港站的核心，由中环站往返东涌线、机场快线月台亦需必经此大堂。而车站亦于德忌利士街地底设有另一个东涌线卫星大堂，位于中环站至香港站转乘通道之间，主要方便乘客前往德辅道中、干诺道中的中环商业区。不过乘客经常把中环站毕打街大堂与此大堂混淆，其实这里只是香港站范围。 香港站共设有3个月台及1个预留月台，各月台均设有月台幕门。现时1号月台是机场快线的月台，以侧式月台设计排列，机场快线列车到达香港站后，必须在此月台同时进行上落客及行李的工作，属港铁系统中较罕有的设计。
1号月台的北面，设有1条路轨侧线，供列车调动及停泊之用，同时预留作未来的2号月台使用，2号月台的开放时间需有待中环第三期填海工程及香港站延展掉车隧道工程完成后，方可进行机场铁路二期的扩建工程，故现时列车只能使用1号月台上落客。
另一方面，位于整个香港站建筑群的底层设有3号及4号月台供东涌线使用，月台以岛式月台排列，以多组扶手电梯及升降机连接东涌线大堂。于非繁忙时间及假日，列车通常只使用3号月台，而繁忙时间则交替使用两个月台。另外，每当特殊情况下，部份东涌线及机场快线的列车会在本站清客后暂停服务，届时月台将会发出广播。
