一)按支出的层次分类
根据支出的层次划分，行政事业单位的支出分为本单位的支出和对其他单位的支出。
本单位支出，是指为了完成本单位的业务活动及其他活动而发生的各种支出。包括事业支出、经营支出、基本建设支出、上缴上级支出等。
对其他单位的支出，是指由所属单位向下级转拨款项和将本单位集中的资金分配给所属单位使用所发生的支出，包括拨出经费、对附属单位的补助等。
(二)按支出的用途分类
根据支出的用途划分，即按照政府预算收支科目的“目”级科目的规定分类，以2000年财政预算收支科目的规定为例，其内容包括：
1．基本工资
它反映国家统一规定的基本工资，包括行政机关人员的基础工资、职务工资、级别工资、工龄工资、机关工人的岗位(技术等级)工资与国家规定比例的奖金、行政事业单位工作人员的固定工资与国家规定比例的津贴，各类学校毕业生见习期间的临时待遇。
2．补助工资
它反映国家统一规定的津贴、补贴，包括各项岗位津贴、价格补贴、地区性补贴、冬季取暖补贴、职工上下班交通费补贴。
3．行政事业单位津贴
它包括政府特殊津贴、教龄津贴、班主任津贴、特教津贴、护龄津贴、运动员津贴、艺术工种补贴、福利院岗位津贴、接济站津贴、手语费、环卫津贴、老干部工作人员津贴、财会人员岗位补贴等。
4．社会保障费
反映单位为职工缴纳的基本养老、基本医疗、失业、工伤、生育等社会保险费，残疾人就业保障金。
5．职工福利费
它反映拨缴的工会经费，按标准提取的工作人员的福利费、独生子女补贴费、未参加医疗保险的职工的医疗费、因公负伤等住院治疗、住疗养院期间的伙食补助费，病假两个月以上期间的人员工资(不含符合离休条件的在职人员工资)，职工探亲差旅费，由原单位支付的退职金，退职人员及其随行家属路费，职工死亡火葬费用，遗属生活困难补助费，长期赡养人员补助费等。
6．助学金
它反映各类学校学习助学金、奖学金、学生贷款、出国留学(实习)人员生活费、青少年业余体校学员伙食补助费和生活费补贴，按照协议由我方负担或享受我方奖学金的来华留学金、进修生生活费等。
7．商品和服务支出
反映单位购买商品和服务的支出(不包括用于购置固定资产的支出)。包括办公费、印刷费、咨询费、手续费、水费、电费、邮电费等。
8．设备购置费
它反映行政事业单位不够基本建设投资额度，按固定资产管理的办公用一般设备、车船等购置费，车辆购置附加费，教学、科研医疗单位的专业设置购置费，专业图书馆、文化馆、文化站的图书购置费，以及一般行政事业单位的图书购置费，档案设备购置费等。事业费和基本建设投资的划分标准，按照国家计委规定办理。其中按规定由事业费列支的各种设备，符合固定资产标准的列入本目，不够固定资产的列入有关目。
9．维修(护)费
反映单位日常开支的固定资产(不包括车船等交通工具)修理和维护费用，网络信息系统运行与维护费用，以及按规定提取的修购基金。具体包括设备维修费、房屋维修费、提取修购基金、其他维修费。
10．其他商品和服务支出
反映上述科目未包括的日常公用支出。如行政赔偿费和诉讼费、会员费、来访费、广告宣传、其他劳务费及离休人员特需费、公用经费等。具体包括宣传费、行政赔偿费、行政诉讼费、离退休人员公用经费、提取住房基金、燃气费。
11．医疗费
反映行政事业单位在职职工、离退休人员的医疗费，军队移交政府安置的离退休人员的医疗费，学生医疗费，优抚对象医疗补助，以及按国家规定资助农民参加新型农村合作医疗的支出和对城乡贫困家庭的医疗救助支出。
12．其他费用
反映不能划分到上述经济科目的其他支出，主要包括预备费、预留或补充全国社会保障基金、未划分的项目支出、其他支出。
