敦煌雅丹地貌民间发现较早，但由于认识的局限性，没有引起人们的高度重视，真正走入当地一些文化人的视野并被认识到其保护开发价值是在上世纪90年代初。1998年，雅丹的开发提上敦煌市政府有关方面的议事日程。自此，敦煌雅丹地貌景区的发掘开发进入了艰苦的发展过程。
2001年，敦煌市人民政府正式成立了专门机构——敦煌市雅丹地貌风景区管理处，配备人员对景区进行全面保护与开发。由于地处罗布泊无人区，远离市区，无路、无电、无水、无通迅联络，条件十分艰苦。在此情况下，雅丹地貌风景区管理处首先确定了保护区范围和游览观赏区，请地质专家普查地貌，请旅游专家制定总体规划，市政府公布了保护管理条例。2001年12月经多方专家评审，敦煌雅丹被国土资源部批准列入全国第二批国家地质公园行列后，敦煌市政府高度重视，在市财政非常困难的情况下，投入资金修通了市区至雅丹景区的公路。景区内北线三级旅游观光道路21.8公里，环形观光道路19.33公里，停车场10000平方米，建成了景区标志性大门和地学博物馆，以及集接待、演示、展览、办公、餐饮、住宿为一体的综合接待大厅等。利用风光资源建成了风能发电100千瓦，光伏发电100千瓦的发电站及相关配套设施，开通了中国电信、中国移动通讯设施，购置了观光车辆等。面貌一新的雅丹地质公园，2002年2月28日在北京正式被授匾，2003年8月29日正式开园揭碑，向大众展露出神奇瑰丽的真容。
近几年来，敦煌市国土资源局、敦煌市雅丹地貌风景区管理处加大雅丹的开发保护力度，与地质部门、沙漠科研院所开展了系列地质遗迹挖掘和保护研究，雅丹地区气象、流动沙丘监测等科研项目，施工了环形道路固沙和设立外围防爬围栏等一系列保护工程。
通过十年的开发保护发展，敦煌雅丹国家地质公园的基础设施从无到有，从简陋到初具规模，成为大漠深处颇具影响力的国家级地质公园。2001年 12月国土资源部批准建立了“甘肃敦煌雅丹国家地质公园”，2003年8月正式开园揭碑，并对游人开放。2006年11月被国家旅游局评定为AAAA级旅游景区。 2005年3月，被西北风情旅游联合会确定为西北风情自驾车旅游基地。2011年8月被国土资源部命名为“国土资源科普基地”。2012年10月被甘肃省科学技术协会命名为“甘肃省科普教育基地”。
