整个故事主要围绕士官长找出为什么科塔纳要引导这些守护者——破坏了他们的殖民地后又离开的原因！
洛克追踪士官长只不过是为了把他找回来因为老司机哈尔西等高层认为士官长对科塔娜下不了手（他们比士官长更早知道这件事情）
科塔纳的疯狂在接入智域后被最终治愈（技术层面而已）而且还能借此吸引任何AI加入她（类似于逻辑瘟疫）
科塔纳的计划就是使用守护者让一切归附于智域并治愈AI的疯狂（某种意义的拯救世界）
当然不愿意归附的就是大规模毁灭
士官长试图说服她,但是她不听,如同Halo4里禁锢宣教士一样禁锢了士官长。她说她将在10000年(后)叫醒他。洛克试图释放他,但AI们加入科塔纳,她发动了(子午线)星上的所有守护者,她乘坐像是最大的守护者离开了并且洛克在她离开后释放了士官长。
AI们消灭(子午线)星上所有的电子设备并在殖民地上监视着他们。罗兰(无限号的AI)不加入Cortana。她发现无限号,他们不得不反复通过跃迁空间逃离。此时游戏结束,他们在逃离期间想到的一个计划。下一个动画就是哈尔西，神风烈士，士官长之间的团聚。很短,所有事情就是这样了。最后的动画(应该)是科塔纳哼着曲子后远处出现一个光环环带。
当她结束哼曲后,光环上的光开始发亮点,好像她又把它完全启动。是的,这还是相当扣人心弦的-科塔纳是个坏蛋/Cortanaisabadguy,行星的每一个地方都被她的部队包围控制着,而且科塔纳还拥有一个光环环带。
她并不讨厌士官长，她知道他会过来,但是她忽略了自己行动造成的伤亡。蓝队这期间一直跟着士官长。士官长告诉她,她正让他们所有人变成一个没有选择的人——就像哈尔什对他做一样。科塔纳不听,基本上！主要的“BOSS”(永恒守望者)与你战斗,其还拥有大量身体。他守卫着科塔纳/守护者。他想阻止士官长得到科塔纳,而科塔纳不希望他杀死士官长。所以他们争论。但是永恒守望者只是一堆身体而已。然后你先干一个,后来再干两个,然后就是3个。
