1、 历史比较研究的运用程序：
第一步、确定可比性主题。根据自己的观察和资料的积累，从可比较性原则出发，确定事物的某一方面或者是那几个部分为比较的主题。第二步、分别研究可比项各方的特点、过程、根本属性。某项研究主题确定之后，就应该对可比较的历史现象或过程的各个方面进行单独研究。第三步、综合起来比较异同，意在“同中求异”、“异中求同”。当分别进行个体研究以及初步的形成了比较命题的构思设计之后，即应该将手机整理出来的材料分门别类进行专门命题的综合比较研究。第四步、提出命题假设，寻求历史的本质和规律。这是关键的一步。第五步、验证理论，通过比较研究提出理论的真实性，还要通过比较分析证明其理论的科学性、客观性。这样才完成了历史比较研究，得出相应结论。
2、 历史比较研究的局限性：
历史比较研究只是史学研究的方法之一，起局限性明显的表现在以下两个方面：第一、根据可比性原则，进行比较研究要受到种种条件的限制，这种研究必须是在两种或者是两种以上的现象中进行，而且这些现象要有共同的基础或联系。第二、历史比较研究，容易犯机械类比的错误，易于流于形式化的比较，这样的比较是违背历史主义的，无助于历史的研究，又是它还会导致出颇为荒谬的结论。
3、 克服历史比较研究局限性的主要途径：
为了尽可能地发挥比较方法在史学研究中的作用，我们需要通过以下途径来克服它的局限性，发挥它的优越性：第一、用唯物史观做指导。开展对历史比较方法的研究。在不同的历史观指导下，历史比较方法对史学研究就会产生不同的效果和作用，只有科学的唯物史观，才能够克服种种历史偏见，使比较研究方法在史学研究中发挥更大的作用。第二、综合的运用各种史学方法，在比较的过程中同时运用分析与综合、抽象与概括的逻辑方法，有利于克服忧郁单纯的比较研究存在的种种局限，使得历史比较研究走向科学化的道路。
历史比较研究，有助于打破公式化、教条化的死气沉沉的僵局，促进史论进一步结合；有助于克服史学研究的片面性、狭隘性，便于发现历史现象之间的异同关系；便于从整体上把握历史的全局与局部的异同关系，以便进一步探求历史发展的普遍规律和特殊规律。我们要在研究历史时充分的运用历史比较研究的方法，并且克服起局限性，发挥其优越性。
