两个马耳他的介绍上，历史是相同的，这并不准确，确切的说是在马耳他骑士团在马耳他岛上的统治是马耳他共和国历史中的一段。在马耳他岛被拿破仑占领后，两者之间就没有什么交集了，但骑士团应该还是比较怀念这段历史，并且这也是骑士团最辉煌的一段时间，所以被驱逐出马耳他岛的骑士团依旧被称为马耳他骑士团。之后马耳他岛历经了法国和英国的殖民统治，直到1964年马耳他岛上的主体民族在与英国殖民统治当局协商后独立出来的，成立了现在的马耳他共和国。马耳他共和国也就是被世界各国承认的主权国家。而马耳他骑士团被驱逐之后，由于当时的欧洲已经不是中世纪时期的样子了，各个民族国家都已经基本形成，同时罗马教廷的影响力也不像中世纪时期那么强大了，所以骑士团就在欧洲各地流浪，直到1834年，在当时的教皇国的都城罗马建立了名为马耳他宫的建筑，作为临时领土。意大利统一后，骑士团也没能像教廷那样获得一块土地（梵蒂冈）建立主权国家，只保留了在罗马的两座建筑物内的治外法权，骑士团在这两座建筑物内拥有独立的司法、行政和外交等权利，这与一个独立的主权国家没有什么差别。或许等以后的国家的概念发展了，马耳他骑士团将获得主权国建的待遇。至于一个回到马耳他岛重新独立，而一个在外面漂泊，现在在马耳他建国 的是马耳他岛上的土著居民，而马耳他骑士团相当于教廷在马耳他岛上的殖民军队，骑士团在马耳他岛上的统治相当于一种殖民统治，骑士团被其他殖民势力（法国、英国）驱逐之后，岛上的土著居民在反抗殖民统治之后，才建立了马耳他共和国。他们两个之间本来就没有什么交集，而马耳他骑士团在之后没有获得领土，应该和当时欧洲及世界的局势有关，当时欧洲民族国家兴起，教廷势力大减，作为教廷支持的一个混合民族的骑士团在欧洲就没有了获得土地条件。如果当时骑士团去欧洲之外的地方进行殖民，或许能够建立一个拥有领土的主权国建，而不是现在这样的准主权国家。
目前骑士团践行着当初建立的宗旨，通过救助贫困，发展基督教在世界的影响力，目前与骑士团建立外交关系的国家大部分都是亚非拉美等地的贫困国家，接受骑士团在医疗方面的救助。
