从表面上来看:控制台程序运行时是在DOS环境下，或者模拟dos环境运行的程序，运行时一般会启动一个提示符窗口。
而应用程序是Windows环境下的窗口程序。运行时一般会启动一个窗口画面。(例外，病毒木马，就不显示窗口，这决定于是否创建了窗口，或者是否让窗口显示)
但是，实质上，windows应用程序和控制台应用程序的真正区别是，PE文件的结构不同，这点不需要我们去关心，编译器会根据你的选择去构建生成的exe文件的PE结构。
如何告之编译器你的选择?在编译器进行连接的时候，给它一个连接参数:
subsystem:windows或者subsystem:console来告诉它。对于大多数编程工具来说一般在“工程->设置->连接”这个表单里面就可以看到这个参数。
但是通常在我们要创建一个新的工程的时候，编译器会让我们事先选择好是创建windows应用程序还是创建控制台应用程序。这个参数的设置就不用我们操心了。
补充(你可以不看，有点复杂了):事实上，控制台程序依然还有区别，那就是，16位的可以在DOS操作系统环境中运行的DOS程序(也可以在window运行通常windows会模拟一个dos环境，这时你会程序窗口与平时的提示符窗口明显不一样)，和 32位通常只能在windows操作系统中运行的程序。通常32位控制台在DOS下运行，它的PE结构中会给予DOS环境下运行的一个入口点(DOS文件头)，这个入口点只有“一行”代码:"This program cannot be run in DOS mode"
而在32位系统下，操作系统将将查看PE文件头里面的subsystem字段来获得程序将以什么方式运行(windoes或者console)这个字段里面指示了子系统(CUI对应控制台，GUI对应普通程序，驱动程序等没有子系统)32位的控制台程序当然可以调用PAI函数，而16位的DOS程序则不可以调用API函数。
再补充关于编译器的一点内容:通常大学里面学习C，c++时，最常用的是VC6.0
TC++3.0 和 TC2.0 VC6.0只能写32位程序。(也就是不能写Dos程序)
而TC++3.0 和 TC2.0这两个编译器是16位的编译器，不能写窗口程序(因为调用不了API(之所以调用不了，固然是编译器的限制，但实质是编译器根本不去使用32位寄存器))
那么，如何才能写一个即可以在DOS运行，又可以在windows下运行的程序(还要带窗口)?那就是要修改exe的PE文件结构，使用人工方法粘贴代码。复杂了，不说了......
